両生類は実験動物として傑出した点をもちながら、両生類で遺伝に関係した大きな分野が発展しなかったのは、実験室での飼育が困難で、子孫を得ることができなかったためです。この飼育困難という障害を克服された理学部動物学教室の川村智次郎先生が在職中に挙げられた業績を基礎にして、両生類研究施設は、昭和42(1967)年6月に創設された、他に類例のない施設です。

　創設時の第1研究部門「発生遺伝学」は、定員が教授1、助教授1、助手2、その他職員2でしたが、昭和49(1974)年4月に系統維持班の附設が認められました。

　昭和56(1981)年4月、第2研究部門「生理生態学」が増設され、客員部門として認められましました。昭和59(1984)年4月、第3部研究部門「進化生化学」が増設されました。平成元(1989)年4月、第4研究部門「形質発現機構」が新たに増設され、増員が認められました。平成2(1990)年11月末には、東広島の新キャンパスに、4つの研究部門の研究棟、飼育棟および野外飼育場が完成しました。新キャンパスへの移転は、平成3(1991)年2月から始まり、平成4(1992)年1月末に完了しました。

　平成6(1994)年6月、10年時限が到来した進化生化学研究部門に代わり、種形成機構研究部門が新設され、増員が認められました。また、平成11(1999)年4月からは形質発現機構研究部門に代わり、分化制御機構研究部門が、平成16(2004)年4月からは種形成機構研究部門に代わり、多様化機構研究部門が固定部門として新設され、現在に至っています。

　平成14(2002)年7月、ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）の中核機関（ネッタイツメガエル）として選定され、平成２４年３月まで継続しました。また、同年６月から新規課題として 当施設による NBRP（ネッタイツメガエル）が再スタートしました。