June 1, 2002
Compare Amino Acid Sequences for Windows 9x/NT4.0/2000/XP
シークエンス比較プログラム (compAAseq.exe)
<注意事項>
  1. 本実行プログラムならびにドキュメントファイル(以下、本プログラムと表記)は、日本の法律では著作権は作者に帰属するらしいのですが、変更のない限りPDSとします。
  2. PDSとしますが、本プログラムが気に入られた方、便利だと思われた方、またそうでない方でも本プログラムに対するご意見、ご感想をchubo@hiroshima-u.ac.jpまでメールでお寄せください。
  3. 改変・配布は自由としますが、オリジナルな本ファイルも必ず添付してください。間接的、直接的を問わず、本プログラムを商用に用いること、また悪用することは禁止します。
  4. 本プログラムは内容に関して万全を記して作成しましたが、万一ご不明な点や誤り、記載漏れ、質問、要望などがございましたら、電子メールにて下記へご連絡をお願い致します。
  5. 本プログラムによって生じた問題、運用結果につきましては責任を負いかねますのでご了承ください。あくまでも使用者本人の責任においてご使用ください。
  6. プログラム名、システム名、CPU名は、一般に各メーカーの登録商標です。
  7. 画面モード800*600以上での使用を推奨しております
  8. もちろんy2k対応。
  9. 一部、お見苦しい点があるかと存じ上げますが、お許しのほどよろしくお願い申し上げます。
<ファイルについて>

圧縮ファイル

Cas???.exe (lha形式自動解凍ファイル???はバージョン)
付属ファイル compAAseq.exe (本体)
CompAAseqreadme.html (本ヘルプファイル) 
<機能>

シークエンスの比較

  1. アミノ酸配列のホモロジー表示
  2. シークエンス長表示
  3. アミノ酸配列の疎水性などトランジション、トランスバージョンサイト数表示 (DNA配列入力時)
  4. アミノ酸配列の同義置換、非同義置換数表示 (未実装)
  5. GC含量表示
amino acid substitution アミノ酸置換 = amino acid replacement
conservative substitution 同類置換 = conservative amino acid replacement 同類アミノ酸置換
radical substitution ラジカル置換 = radical amino acid replacement ラジカルアミノ酸置換
 

アミノ酸 amino acid

A. nonpolar amino acid 非極性アミノ酸
1) hydrophobic amino acid 疎水性アミノ酸: A, V, L, I, M, W, F, P
B. polar amino acid 極性アミノ酸
2) neutral amino acid 中性アミノ酸: G, S, T, C, Y, N, Q
3) acidic amino acid 酸性アミノ酸: D, E
4) basic amino acid 塩基性アミノ酸: K, H, R
<使用方法>

解凍およびインストール方法

配布ファイルは、lha方式で圧縮された自動解凍ファイルです。圧縮ファイルをダブルクリックして、本体と本ヘルプファイルを適当な同じ場所に解凍してください。アンインストールは、ファイルを削除してください。
基本的な使用方法
  1. Input Sequenceエリア1にシークエンス1を入力 (DNA配列またはアミノ酸配列(現在はDNAのみ対応))
  2. Input Sequenceエリア2にシークエンス2を入力 (DNA配列またはアミノ酸配列(現在はDNAのみ対応))
  3. Compareボタンをクリック
  4. Output Dataエリアに各情報表示 
その他の機能の使用方法
  1. メニューバーからも、オプション選択や編集などすべての機能が使用可能 (未実装)
  2. Clipboardボタンを押すと、クリップボードにOutput Dataの内容を保存
  3. FileのNew Sequenceはオプションも含めて初期状態に、EditのCleanはInput Sequenceだけを初期状態にする
  4. HelpのHelpでhtmlヘルプを、Versionでバージョン情報を表示
  5. DifferntをSeq1, Seq2, 共通に変更する (未実装)
<歴史> Version 0.10 単純比較、とりあえず完成、readmeファイル作成 (March 15, 1999)
Version 0.11 不明サイト・置換サイトのカウント (March 21, 1999)
Version 0.12 不明なサイトが含まれた場合に長さの表示がおかしくなるバグ修正 (July 9, 1999)
Version 0.20 htmlヘルプおよびVersionを表示 (January 11, 2000)
Version 0.30 Delphi 6.0 Personalで再コンパイル (June 1, 2002)
<製作環境>
自作DOS/Vマシン(M/B ASUS A7M266-D、AMD-Athlon XP 1800+ Dual、メモリ256MB、19インチモニタ)、Windows XP、Delphi 6.0 Personalにて開発ならびに動作確認済み。
<動作確認・制限事項> 動作確認はMMX Pentium,Pentium II,Pentium III,AMD Athlon XP 1800+ DualまたはAMD K6-2をつんだIBM互換機のWindows 98/NT4.0/2000/XP上で行っています。現在のところ、PC98シリーズでは動作確認を行っておりません。また、シークエンス長の限界は65000bp程度です。(Delphiの仕様上Windows95/98ではRichEditの限界が65536文字程度。ものの本によると、Windows NT 4.0では制限はないはずではあるが、やはり同じ制限がかかっている。ご存知の方はぜひともご一報を。) <お願い> 今後の参考にするため、できるだけ本プログラムに対するご意見、ご感想をchubo@ipc.hiroshima-u.ac.jpまでメールでお寄せください。また、本プログラムを使用される方は、本プログラムを利用することによって得られた利益を何らかの形で社会や他人に対して還元してください。還元すべきことをすぐに思いつかない人は、ユニセフhttp://www.unicef.or.jp/やユネスコに善意の寄付をしてください。 <気に入らないところ>
サイズがもう少し小さくなったらいいなぁ。どうして64Kで収まらない大きさになってしまうのだろうか。きっと夢にちがいない。
<謝辞> 最後に、ご助言・ご指摘をいただいた田村先生、小菅先生、秋山さん、本田さん、小西さん、中尾君、有川さん、松田君、田澤君、また多くのフリーソフトウェア作者の皆様に感謝します。 <製作者> 坪田 博美 (Hiromi Tsubota)
chubo@ipc.hiroshima-u.ac.jp
http://home.hiroshima-u.ac.jp/chubo/