BioPerlについて
BioPerlとは
Perl上で動くモジュール．分子生物学で利用する機能が多く含まれている．
BioPerlの使い方
<Windowsへのインストール>
1. ActivePerlをインストールする．
2. BioPerlをインストールする．
2-a. コマンドプロンプトを起動する．
2-b. コマンドプロンプト上でppmを実行する．
>ppm
PPM - Programmer's Package Manager version 3.0.1.
Copyright (c) 2001 ActiveState SRL. All Rights Reserved.
Entering interactive shell. Using Term::ReadLine::Stub as readline library.
Profile tracking is not enabled. If you save and restore profiles manually,
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Type 'help' to get started.2-c. BioPerlのインストール．ppm上でモジュールIO-StringとBioPerlをインストールする．
ppm> install IO-String
====================
Install 'IO-String' version 1.05 in ActivePerl 5.8.0.804.
====================
Downloaded 5255 bytes.
Extracting 5/5: blib/arch/auto/IO/String/.exists
Installing H:\Perl\html\site\lib\IO\String.html
Installing H:\Perl\site\lib\IO\String.pm
.
.
.
Successfully installed IO-String version 1.05 in ActivePerl 5.8.0.804.
ppm> install BioPerl
Note: Package 'BioPerl' is already installed.
====================
Install 'BioPerl' version 1.2.3 in ActivePerl 5.8.0.804.
====================
Downloaded 2384661 bytes.
Extracting 699/1171: blib/html/site/lib/Bio/Tools/StateMachine/AbstractStateMach
.
.
.
2-d. ppmを終了する．
ppm> quit
<実行テスト>
インストール後，実行テストを行う．
a. 以下に示したテスト用のスクリプトをエディタなどで入力する．適当な名前をつけて保存する．オリジナルは竹中要一氏のスクリプトです．
<script testbioperl.pl>
#!/usr/local/bin/perl
#perlの場所によって変更すること．Windowsでは無視される．
#testbioperl.pl, a test program for BioPerl by Y. Takenaka arranged by Chubo
#use IO::String;
use Bio::Perl;
$dna_data = get_sequence('genbank', "AB029384");
$seq = $dna_data -> seq();
print $seq;b. コマンドプロンプトを起動する．
c. cdコマンドで保存した場所まで移動する．
例．> cd \temp
d. スクリプトを実行する．
>perl testbioperl.pl
ATGTCACCACAAACGGAGAC・・・ATACAATTGATACTATATAA
参考文献
インターネットリソース