距離行列の計算

アライメントされたデータを用意する.

データのうち2つの配列について,両者が一致した塩基配列の数(X)と,ギャップ以外で塩基配列が異なるサイトの数(Y)を数える.

例えば,以下のようになる.

>OTU1
--ATGCATGCTTGATT
>OTU2
CCATCC-CGCATGA--
--XXYX-YXXYXXX--
上記の例では両者が一致した塩基配列(Xで示した場所)の数(X)は8,ギャップ以外で塩基配列が異なるサイト(Yで示した場所)の数(Y)は3となる.

得られた両者が一致した塩基配列の数(X)と,ギャップ以外で塩基配列が異なるサイトの数(Y)の数を以下の式に代入して距離(D:1000塩基あたりの塩基置換率)を計算する.

D = Y / (X + Y) * 1000

この値をすべてのOTUの組み合わせについて求める.

UPGMAによる系統樹の作成

前回と同様にUPGMAにより系統樹を作成する.作成した系統樹をPhytodendronなどで図示する.