距離行列の計算

アライメントされたデータを用意する．

データのうち2つの配列について，両者が一致した塩基配列の数（X）と，ギャップ以外で塩基配列が異なるサイトの数（Y）を数える．

例えば，以下のようになる．

>OTU1
--ATGCATGCTTGATT
>OTU2
CCATCC-CGCATGA--
--XXYX-YXXYXXX--
上記の例では両者が一致した塩基配列（Xで示した場所）の数（X）は8，ギャップ以外で塩基配列が異なるサイト（Yで示した場所）の数（Y）は3となる．

得られた両者が一致した塩基配列の数（X）と，ギャップ以外で塩基配列が異なるサイトの数（Y）の数を以下の式に代入して距離（D：1000塩基あたりの塩基置換率）を計算する．

D = Y / (X + Y) * 1000

この値をすべてのOTUの組み合わせについて求める．

UPGMAによる系統樹の作成

前回と同様にUPGMAにより系統樹を作成する．作成した系統樹をPhytodendronなどで図示する．