中島圭介のホームページ
趣味で作ったMacのアプリケーションです。全てフリーウェアですのでご自由にご利用下さい。バグを見つけた方、質問の有る方は kei@hiroshima-u.ac.jp にメールを下さい。
IdentityX:OS 10.4以降(ppc, Intel) Identity Counter の OSX 版です。 Clustal-Omega、分子量の計算、ORFの探索、アミノ 酸配列を確認しながら塩基配列の編集ができる Amino view、波形ファイルを表示できる Wave view、樹形図を作成する Tree view、Dot blot、Degenerate primer の設計など、生物学で使う機能を大幅に拡充しています(一部の機能はライセンスの購入が必要です)。 <注目>ver 5 から波形ファイルを読み込めるようになりました。 ver 3 から多数の単語をまとめて検索できる(自称)画期的なぐるっぱ検索ができるようになりました。これまでに作ったプライマーが目的のベクターに存在するか否かを一度に調べることができます。 |
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Identiy Counter:〜OS 9(68K, ppc) アミノ酸シークエンスや塩基配列をマルチアライメントした状態で保存できるアプリケーションです。配列の一致率を数えたり、ワイルドカードや一致率を指定した複雑な検索ができます。 |
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ぐるっぱ:OS 10.4以降(ppc, Intel) アドレスブックに似たインターフェースで、単語の集合をグループ化するアプリケーションです。ぐるっぱでプライマーや制限酵素などのデータベースをあらかじめグループ化しておくと、 IdentityX でグループ化された単語の集合を一気に検索することができます。 |
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明度定量:OS 10.4以降推奨(ppc, Intel) 画像を好みの大きさの長方形に分割し、ピクセルの明るさ(明度)を定量化するアプリケーションです。蛍光画像の明るさを定量化するために作りました。 |
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プライマーデータベース用Excelのマクロ(Mac, Win) 作成したプライマーを整理するために作ったExcelのワークシートに、塩基数、GCの数、Tm、分子量、相補鎖を計算するマクロを取り付けたものです。Windows でも利用できます。 <注目>2013年10月11日より、複数配列に対して「塩基数、GC数、Tm、MW」ボタンを押した時に空白行を飛ばし 17mer 以下の配列が含まれていても止まらないように改良しました。 <注意>Mac の Office 2008 はこのマクロを作成した VBA をサポートしていません。 2004 か 2011 をご使用下さい。 |
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Cocoaの入門書に書いてない内容で私がつまづいたトピックについて記した備忘録のようなものです。