Identity Counter の使い方

　ほとんどの操作は直感的に出来ると思いますので、分かりにくそうな点のみ説明します。

テキストモードと BOX モード

Identity Counter にはテキストモードと BOX モードがあります。
テキストモードは配列の入れ替え・編集などを行うときに使用します。
BOX モードは Identity を数える範囲を指定するときに使用します。
これら２つのモードの切換はウィンドウ左上のコントローラーで行います。（右図）

新規ファイルへの配列の入力方法

「ファイル」・「新規」メニューを選ぶ。
配列名を入力する。
アライメントが必要な場合は DNASIS 等のアプリケーションでアライメントを行い、配列をペーストする。

配列の編集

配列全体を左右に動かす・順番を入れ替えるには

コントローラーのテキストを選択します（右図）。
配列のどこかをクリックするとカーソルが点滅し、配列名がハイライトになります（右図）。
この状態でコントローラーの左右の矢印をクリックすれば配列全体が左右に動き、（右図）上下の矢印をクリックすると順番が入れ代わります。

Identity のカウント方法

カウントする範囲 (BOX) の選択

コントーラーの BOX を選択します（右図）。
カウントしたい範囲を選択します（右図）。
どこか画面をクリックすると BOX が赤くなり、確定します（下図）。

BOX の消去・範囲変更

BOX の赤い線の上のどこかをクリックすると BOX が緑色になり、編集可能になります。
"delete" キーを押せば BOX を消去できます。
BOX の開始点か終了点（ BOX の縦の線）にマウスを合わせ（右図）、ボタンを押したまま移動すると BOX の範囲を変更できます。

BOX のコメント編集

BOX の赤い線の上のどこかをクリックすると BOX が緑色になり、編集可能になります。
「編集」･「BOX のコメントを編集」を選択します。
右図のようなダイアログが表示されるので、コメントを書き込み、 "OK" ボタンをクリックします。
コメントが存在する BOX には自動的に右上隅に三角形が付加されます。

コメントを消去する場合はその BOX を選択し、「編集」･「BOX のコメントを消去」を選択します。

注意：

「編集」･「BOX のコメントを編集」で表示されるダイアログでコメントを全て消しても、 BOX 右上隅の三角形は消えません。
この三角形を消すためには「編集」･「BOX のコメントを消去」を選択します。
コメントのフォントはシステムフォントになります。

FASTA 形式で出力する

FASTA 形式で出力するためには「ファイル」･「 Export 」･「 FASTA 形式」を選択します。
この時、テキストモードだと全ての配列の初めから最後までを出力し、 BOX モードだと BOX で選択した範囲のみを出力します。
このモード切替により配列全体を対照とするか、配列の一部を対照とするかを選択できます。

Identity Counter について