ClustalW2、アライメント、サーチボタンの使い分けに付いて
ClustalW2、アライメント、サーチボタンは全てアライメントを行うための機能ですが、各々以下のような長所と短所が有ります。状況に応じてうまく使い分けて下さい。
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ClustalW2
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長所
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一般に認められたアライメント方法である。 |
| 複数の配列をまとめてアライメントできる。 | |
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短所
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向きが合っていないとアライメントできない。 |
| 両端の位置が大きくズレるアライメントができない。 | |
| 既にアライメントされている配列が全てリセットされてしまう。 | |
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使用状況
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データベースから入手したホモログのアライメントなど。 |
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アライメント
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長所
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向きが合っていなくてもアライメントできる。 |
| 両端の位置が大きくズレていてもアライメントできる。 | |
| 複数の配列をまとめてアライメントできる。 | |
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短所
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既にアライメントされている配列が全てリセットされてしまう。 |
| 特性が「DNA」のファイルでしか使用できない。 | |
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使用状況
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シークエンスの生データのアライメントなど。 |
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サーチボタン
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長所
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既にアライメントされている配列をリセットすることはない。 |
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短所
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向きが合っていないとアライメントできない。 |
| 一度に一つの配列しかアライメントできない。 | |
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使用状況
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目で見ながら最後の仕上げ。 |