リリースノート

2024年6月3日（Appleの対応が不誠実かつ会費が高いので、Developer登録の継続を辞めようと思っています。IdentityXの公開は近いうちに終わる可能性が高いです。）ver 14.3.4

• サーチボタンで一致する位置を探した場合に、波形とテキストの位置がズレることがあるバグを修正。
• 「ぐるっぱ検索」の結果を csv 形式で保存できないバグを修正

2023年10月6日（先月3KOの論文が通りました）ver 14.3.3

• 「Degenerate primer」で "BOX" を追加した際に、直ぐにマップに反映されないバグを修正
• 「表示配列選択」でグループを追加する際に、「OK」と「Cancel」ボタンが逆の動作をするバグを修正
• 「ぐるっぱ検索」をキャンセルした場合に、再検索できないバグなどを修正
• 「AND 検索」を行うと飛んでしまうバグを修正

2023年6月26日（健康診断に行ってきました）ver 14.3.2

• 「サーチボタン」で検索後に再描画しないバグを修正。
• プログレッシブバーのバグを修正。

2023年5月23日（最近温度差が激しい、、）ver 14.3.1

• 論理式で作成したグループを扱えなくなってしまったバグを修正

2023年5月20日（G7 サミット真っ最中）ver 14.3.0

• 「ぐるっぱ検索」の結果表示において「同位置の BOX を持つものを隠す」を選択した場合に、向きが異なるものは隠さないように変更。
• 「ぐるっぱ検索」のプログレッシブバーの立ち上がりを早く変更
• メモリーリークを修正
• 「表示配列選択」でグループを削除するとクラッシュするバグを修正
• 「末端検索」で最長の範囲を検索できていなかったバグを修正
• 「Wave view」のバグを修正

2023年3月21日（3/21 は結婚記念日）ver 14.2.4

• 検索結果から Box を作成した時にクラッシュすることがあるバグ（14.2.2 で入れてしまった）を修正

2023年1月14日（明けましておめでとうございます）ver 14.2.3

• "AND 検索" のバグを修正

2022年11月13日（両親の痴呆が急速に進んでいる、、、）ver 14.2.2

• メモリーリークを修正
• 「Amino view」で "frame" を切り替えた時に表示がアップデートされないバグを修正

2022年10月12日（新機能を入れるとバグも入りますね〜汗）ver 14.2.1

• 選択中に非選択配列が見えなくなってしまうバグを修正 (ver 14.2.0 で入れてしまったバグ)
• 検索機能のバグを修正
• 行の先頭に来る垂直線の表示位置が正しくないバグを修正

2022年10月5日（消耗型の購入も Apple ID に紐付けされると勘違いしていました。あぶね〜！！）ver 14.2.0

• 「末端検索」の結果表示において指定数ではなく、指定数以上の一致する範囲を検索結果とするように改良
• ライセンスが無い場合の「Wave view」の試用時間を延長

2022年9月18日（今月、親父が倒れて入院した ）ver 14.1.0

• 「ぐるっぱ検索」の結果表示において配列ごとの開始位置を表示するように改良
• カーソルが上下に動かなくなることがあるバグを修正

2022年8月16日（お盆で職場がガランとしている）ver 14.0.2

• 「DNA 縮重記号を許容する」の「検索語のみ許容」が正しく動かないバグを修正

2022年6月8日（6/10、ラボのバーベキュー大会です）ver 14.0.0

• App Store に公開されました！

2020年11月11日（コロナワクチン効果90%って、どういう根拠？）ver 13.0.2

• 新規ファイルで検索時の「検索語のみ許容」に見えないチェックが入ってしまうことがあるバグを修正。
• 検索時の「検索語のみ許容」にチェックが入っていると縮重塩基の一致判定がおかしくなるバグを修正。

2020年9月18日（Apple の「野良アプリ狩り」が厳しさを増している）ver 13.0.1

• EPS で書き出した時に、カーソルが表示されない様に改良。
• ダークモードで「Over view」における配列名やスケール、「Box」の情報表示の一致率が見えない問題を、背景を白く塗る「アンチダークモード」で解決。
• 配列番号を変更する時に -1000 より小さい値だと正しく変更できないバグを修正。

2020年5月24日（田んぼでオタマジャクシを取っていたら、怒られてしまった（汗））ver 13.0.0

• OS 10.14 以降で起動しないバグを修正。

2019年12月9日（先週、脊索のRNA-Seqの論文が受理されました！）ver 12.2.1

• 論理式で作成したグループを表示中に新たな配列を挿入すると問題が起こるバグを修正。
• 「Tree view」で全体が表示されないことがあるバグを修正。

2019年10月23日（昨日は即位礼正殿の儀）ver 12.2.0

• 描画速度の高速化。

2019年7月27日（梅雨があけました。あまり雨降らなかったな〜）ver 12.1.0

• 描画速度の高速化。

2019年7月14日（やっと梅雨に入った感じになりました）ver 12.0.1

• ファイルオープンに関するバグを修正。

2019年7月9日（サタケの寄付金も貰えた！）ver 12.0.0

• APFSファイルシステムに対応し波形ファイルのパスに日本語が含まれていると開けなくなっていたバグを修正。Mojaveでは日本語に関係なく開けなかったらしいがこちらも解決した（はず）。

2019年5月18日（研究費が当たった！）ver 11.2.5

• 「表示配列選択」のバグを修正。

2019年4月23日（教授が退職した）ver 11.2.3

• 「非表示配列削除」のバグを修正。

2018年11月4日（論文書き始めました (^o^)/）ver 11.2.2

• 「Degenerate primer」で「3'端の結合不可」の値が初めの一回だけ変更されてしまうバグを修正。
• 「Wave view」で塩基の文字に色をつける際に小文字に色がつかないバグを修正。

2018年9月30日（やっぱりバグが一杯入ったな〜、ヤレヤレ）ver 11.2.1

• .txt, .fas, .aln ファイルを読み込めなくなっていたバグを修正。

2018年9月16日（RNA-seq、凄いわ〜！）ver 11.2.0

• 「Wave view」で縮重塩基を全て表示するように改良。
• 「Wave view」で塩基の文字に色をつけるように改良。
• 「Degenerate primer」で長さ23塩基でGC含量50%のような不可能な指定の場合に警告を出すように改良。
• 「ぐるっぱ検索」の結果表示の「同位置のBoxを持つものを隠す」において、名前が一致していないものも隠すようにに改良。
• シフトキーを押しながら配列名をクリックして配列全体を選択する時のバグを修正。
• 「OR」以外の検索を行った後にもう一度検索を行うと表示は「OR」になっているが、最後に行った検索を実行してしまうバグを修正。
• 「ORF」で相補鎖を表示している時に「最長BOXを探す」がうまく機能しない時があるバグを修正。
• 「Degenerate primer」でハイフンの処理のバグを修正。
• 「Degenerate primer」でグラフィカルな選択がうまくできないバグを修正。
• 「Degenerate primer」でプライマーを表す三角形の大きさが順向きと逆向きで異なるバグを修正。

2018年6月9日（日本でうまくいっていた簡単な実験がうまくできない　泣）ver 11.1.1

• 「アライメント」ができなくなっていたバグを修正。
• 「Cluster omega」の様式変更に対応。

2018年6月1日（アメリカに来て早３ヶ月、少し耳が慣れて来ような気がします）ver 11.1.0

• 制限酵素検索を追加。
• SCF ver2.0.2 に対応。

2018年2月19日（１年間 NIH に行って来ます (^^)/）ver 11.0.0

• 64bit 化にともなう大規模なコード書き換えをしました。
• バグを見つけたら教えてください。

2017年9月9日（研究費が足りない (T_T);）ver 10.4.0

• Degenerate primer のインターフェースの改良。
• 10.3.0で入れてしまった「リピート検索」が出来ないバグを修正。
• 10.2.0で入れてしまった「AND検索」の結果が正しく表示されないバグを修正。

2017年7月10日（ラボに４年生が入った！）ver 10.3.0

• 「ぐるっぱ検索」で「末端検索」を行った時の結果表示で「同一の BOX を持つものを隠す」を選択した時に、末端が同一に有る場合に隠す様に変更。
• 「ぐるっぱ検索」を行った時の結果表示で「二つ以上のもの」を選択した時に、同じ名前の検索語を同じと考えていたが、名前と内容で判断する様に修正。
• Clustal Omega で Submit ボタンを押してから待つように表示を修正。
• Wave view で波形を表示できないことがあるバグを修正。
• 「一致する配列を"•"で表す」を選択した状態で配列を選択すると"•"ではなく配列が表示されてしまうバグを修正。
• 環状DNAで「ぐるっぱ検索」の結果表示で「全配列にある」を選択した時に検索結果が切り口にかかる場合に表示されないバグを修正。

2017年2月12日（10.2.0をダウンロードした皆様にご迷惑かけてしまいました m(_ _)m）ver 10.2.1

• 検索結果が正しく表示されないバグを修正。
• Amino view で選択した範囲が Wave view に反映しないバグを修正。

2017年1月19日（ぐるっぱ良くなりました！）ver 10.2.0

• ぐるっぱ検索のバグの修正および高速化。
• ぐるっぱ検索で見つけた配列を BOX とする時、パリンドロームの配列は水平線で登録するように変更。
• Degenerate primer のインターフェースの改良。
• Over view のインターフェースの改良。
• フォントサイズを変えた時に文字幅が０になってしまう事が有るバグを修正。

2016年1月22日（初歩的なミスをしてしまいました）ver 10.1.1

• Degenerate primer の「２カ所以上に結合」のバグを修正。

2016年1月10日（娘がいなくなって我が家は食生活が乱れまくりです）ver 10.1.0

• Degenerate primer の設計のインターフェースを改良。

2015年7月11日（娘が東京へ行ってしまいました (T_T)）ver 10.0.0

• BOX の表示属性ごとに消去や色を変えられるように改良。

2015年3月19日（論文いっぱい出た (^o^)/）　ver 9.9.0

• Wave view で波形の高さを自動的に最適化できるように改良。
• Wave view で横幅が狭い時に配列の範囲を表す数字を表示しないように改良。
• コマンドを押しながら複数箇所を選択している時に、既に選択してある場所をもう一度選択すると選択が解除されるように改良。
• degenerate primer でハイフンを無視できるように改良。
• 配列が一つしか無い時に 100% 一致していると考えるように変更。
• 配列名を変更した時に「表示配列選択」に反映されないバグを修正。
• degenerate primer のいくつかのバグを修正。

2013年10月10日（ろ胞を剥けるようになった！）　ver 9.8.0

• 「一致しない配列に色を付ける」機能の追加。
• ファイルの挿入や新規保存をする時に最後に使用したフォルダを選択するように改良。
• 「ClusitalW2」が動かなくなったバグを修正したが、手動で「Submit」ボタンを押さなければならなくなった。
• 右側固定編集の警告が正しいタイミングで表示されない事が有るバグを修正。
• 配列名をヌルにするとクラッシュするバグを修正。
• 塩基として認識されない記号を含む配列の特性を「 DNA 」としたまま印刷しようとするとフリーズするバグを修正。

2013年7月29日（久しぶりのアップデート！）　ver 9.7.0

• command + クリックで全ての配列にハイフンを入力できるように改良（Tips フェチにはたまらんぜ！）。
• 複数の範囲を選択している時にサーチボタンを使用できるようにした。この場合一致するか否かの判定は「基準配列（最上段）と一致するものを数える。」となります。
• Consensus 配列を作製する時にハイフンを入れられるように変更。
• 核酸の Consensus も半数以上同じ場合のみとなっていたバグを修正。
• "右側固定編集" 使用中にペーストや複数の選択範囲を削除した場合にアライメントが乱れる事が有るバグを修正。
• 環状 DNA の模式図の書き出しのバグを修正。

2013年2月5日（また iPhone のガラスを割ってしまった。(T_T)）　ver 9.6.2

• BOX の表示属性を「塗りつぶし」にしても塗りつぶされないバグ（9.6.0 で入れてしまった）を修正。
• 特性が DNA でない時に BOX の属性をまとめて変更するための項目がアクティブに表示されないバグを修正。
• Degenerate primer の設計画面で GC contents をキー入力した時に正しく反応しないバグを修正。

2013年1月29日（TALEN 論文通った(^o^)/）　ver 9.6.0

• "右側固定編集" 機能の追加。
• BOX の表示属性を変更した時に未保存状態にならないバグを修正。
• 新たな配列をファイルを選択して挿入する時に、拡張子が "fas" のファイルを選択できないバグを修正。
• 「アライメント」をキャンセルした後、もう一度行うと、「Alignment was canceled.」という表示がしばらく出たままになるバグを修正。
• BOX 関連の細かなバグを修正。

2012年9月24日（ZFN 論文通った (^o^)/）　ver 9.5.0

• N を含むデータベースを検索するために、「 DNA 縮重塩基を許容する」検索に「検索語のみ許容」を追加。
• shift + command + "A" で全ての全配列をまとめて選択できるように改良。
• Shift + 名前クリックで全配列の選択の On/Off を切り替えられるように改良。
• ぐるっぱ検索、リピート検索のマルチスレッド対応及び高速化。
• リターンキーで検索を開始しないように変更。
• リピート検索の繰り返し数に０以下の数字を入れると問題が起るバグを修正。

2012年8月2日（土日も休めない）　ver 9.4.0

• コメントの表示方法に「均等」を追加。
• 改行を含む FASTA 形式のファイルを読み込めるように改良。
• 配列名を変更した時にリターンキーで決定できるように変更。
• 「ぐるっぱ検索」中にキャンセルし、そのままもう一度検索を行うと検索結果の一部が重複してしまうバグを修正。
• 配列を編集中に「wave view」の強調表示が正しく機能しないことが有るバグを修正。
• 配列名を変更した時に未保存状態にならないバグを修正。

2012年6月5日（週末、倉林さんに釣りに連れて行ってもらった）　ver 9.3.0

• BOX の「表示属性」に「水平線（下）」を追加。

2012年4月5日（今日は新入生ガイダンス）　ver 9.2.0

• 「読み上げ」機能の追加。
• 「表示配列選択」画面で "+" ボタンを押せてしまうバグを修正。
• 波形を持つ配列の末端を選択した時に「Wave view」が表示されないことが有るバグを修正。

2012年3月5日（昨日は娘の誕生日）　ver 9.1.2

• 配列名にリターンや改行を含むことができないように変更。
• 「編集」->「配列を削除」を行なうと、配列が削除されずに非表示配列となってしまうバグ（8.6.0~8.8.0の間で入れてしまった）を修正。
• リターンを含む FASTA 形式のファイルを正しく読み込めないバグを修正。
• 「Over view」で最上段の配列を表示できないバグ（9.1.1 で入れてしまった）を修正。

2012年2月5日（実験失敗続き）　ver 9.1.1

• 特性が環状DNA の配列で、繋ぎ目をまたぐ BOX の作成が正しくできないバグを修正。
• 核酸を表さない文字が入っていると「Amio view」が実行できない問題を修正。
• サーチボタンがうまく機能しないバグ（9.1.0 で入れてしまった）を修正。
• Lion で初起動がうまくできない問題を修正。

2012年1月5日（あけましておめでとうございます\(^o^)/）　ver 9.1.0

• Degenerate primer の設計において BOX を作成した時に、コメントに配列を記録するようにした。
• Degenerate primer の設計において BOX を作成した時に、作成する BOX を一つに変更。
• Degenerate primer の設計において BOX を作成した時に、「やり直し」が出来ないバグを修正。
• 特性が環状DNA の配列で ORF を検索した時に、繋ぎ目をまたぐものを正しく選択できないバグを修正。
• 特性が環状DNA の配列で、繋ぎ目をまたぐ BOX の一部を移動した時に選択範囲が変わってしまうバグを修正。
• 検索結果から作成した BOX を含む範囲を移動しようとすると、検索結果を消去していない場合に BOX と検索結果の選択範囲が変わってしまうバグを修正。

2011年12月6日（重大バグ発見のため緊急アップデート）　ver 9.0.0

• ORF の検索で相補鎖の ORF も検索できるように改良。
• Degenerate primer の設計において、通常のプライマーの設計をしやすいように条件を追加した。
• 複数の配列が有る時に Degenerate primer の設計において相補鎖がまともに設計されないバグ（ver 8.9.1 で入れてしまいました）を修正。

2011年11月17日（重大バグ発見のため緊急アップデート）　ver 8.9.1

• 非表示配列の BOX の位置がズレることがあるバグを修正。
• 向きの異なる Degenerate primer がダイマーを作るかどうかの判定の間違いを修正。

2011年11月7日（久しぶりにフルマラソンに参加し、なんとか完走。）　ver 8.9.0

• コドン表を編集できるように改良。
• アミノ酸配列に対応する核酸配列を表示する "Nt view" を追加。
• 「アライメント」中にクラッシュしてしまうことが有るバグを修正。
• 「レイアウト」->「色」->「文字を色分けする」を使用した場合に配列名や配列番号にも色がついてしまうバグを修正。
• 配列を編集中にカーソルがおかしなところに移動してしまうバグを修正。

2011年10月5日（論文投稿中）　ver 8.8.0

• 生シークエンスのトリミングに適した "Trimming" 機能を追加。
• 「アライメント」を行い、配列が反転された時に検索結果の色が変わらないバグを修正。
• 「view の整列」のバグを修正。
• 核酸の "ATH, ATM, ATW" が「標準」コドン表でアミノ酸の "I" となるべきところ、 "?" となってしまうバグを修正。
• 配列番号の１の位置を変更した配列で "Dot blot" で BOX を作成した場合、コメント内の配列番号が正しく表示されないバグを修正。

2011年9月4日（マジモンにはまってます）　ver 8.7.0

• 「Amino view」や「Wave view」を表示したときに「view の整列」を行うように改良。
• 「ぐるっぱ検索」の結果表示で「全配列にある」という意味を「その BOX の範囲を含む全配列にある」に変更。
• 配列名を "中央揃え" や "右揃え" が出来るように改良。
• Dock が表示されていると「view の整列」が正しく出来ないバグを修正。
• ある条件で配列の前半が表示されないバグを修正。
• その他、細かなバグの修正。

2011年8月4日（ZFN いい感じ）　ver 8.6.0

• 「アライメント」や「ClustalW2」を行った後に配列の順番が変わらないように改良。
• 「Amino view」や「Wave view」を表示しているときに「view の整列」ができるように改良。
• 検索語が見つからなかった時に検索シートが閉じないように改良。

2011年7月1日（ZFN 始めます）　ver 8.5.0

• 「アライメント」のアルゴリズムを改良。
• FASTA 形式を読み込むときに、両端のハイフンを除去するように改良。
• FASTA 形式を書き出すときに、アライメントが合うように先頭にハイフンを入れるように変更。
• 拡張子 ".fas" を FASTA 形式のファイルとして読み込むように改良。
• 「Over view」でハイフンの部位を細い線で表すように改良。
• 「Over view」における配列を表す線の太さを変更できるように改良。
• 「Over view」の表示にスケールを入れるように改良。
• 「Over view」の結果を EPS 形式で保存できるように改良。
• 「Over view」で複数の配列の向きを同時に変更できるように改良。

2011年6月2日（コンピューターのトラブルでクリーンインストールを１週間に２回もしました）　ver 8.4.3

• Snow Leopard で印刷できないバグ（ver 8.3.0 で入れてしまった）を修正。
• 印刷画面を表示するまでの時間を短縮。
• "配列番号の０を飛ばす" 設定の時に、配列番号１を含む選択範囲の長さが正しく表示されないバグを修正。
• ある条件で「表示配列選択」ができないバグを修正。
• ある条件で左への移動がおかしくなるバグを修正。

2011年5月2日（白い iPhone 4 get ! x 3）　ver 8.4.2

• 範囲を選択した時に "Wave view" の "強調" が連動しないバグ（ver 8.3.0 で入れてしまった）を修正。
• 「末端検索」が正常に動かないバグ（ver 8.4.0 で入れてしまった）を修正。
• "Amino view" において選択範囲が連動しないバグを修正。
• 「縮重塩基を許容する」設定の時に "Amino view" において、一致しないアミノ酸を「一致する」と評価してしまうことがあるバグを修正。

2011年4月3日（重大バグ発見のため緊急アップデート）　ver 8.4.1

• ver 6.8 以前に作成し、一度も「表示配列選択」を使用したことが無いファイルで配列全体の移動ができなくなってしまうことがあるバグを修正。

2011年3月28日（凄い地震でしたね）　ver 8.4.0

• 「リピート検索」機能の追加。
• 「ぐるっぱ検索」の結果を CSV 形式で保存できるように改良。
• ハイフンを含む長い配列で配列番号の表示が狂うバグ（ver 8.3.0 で入れてしまった）を修正。
• ドキュメントを開いた時に配列の末尾が表示されるようになっていたバグを修正。

2011年2月25日（白い iPhone はいつ出るのだろう？）　ver 8.3.0

• 描画エンジンを根本的に書き換え、描画速度を高速化。長い配列でもストレス（少）なく、編集できるようになりました。
• 前後の検索結果を画面中央に表示できるように改良。（長い配列対策です）
• ペーストした時に BOX の位置がずれることが有るバグを修正。
• shift + command + select で長さの異なる複数の配列の末端を選択後に delete をした時に、配列の位置がズレてしまうバグ（ver 7.9.0 で入れてしまった）、を修正。

2011年1月27日（バレー部閉部式に参加したい）　ver 8.2.0

• 特性が「環状 DNA 」の「模式図を作成」ができるように改良。
• 脊椎動物ミトコンドリアのコドン表に対応。
• BOX の表示属性ごとに表示するか否かを指定できるように改良。
• 「ぐるっぱ検索」で「末端検索」を使用した時に正常に検索できないことが有るバグを修正。
• 配列編集中に配列全体が移動してしまうことがあるバグ（ver 7.9.0 で入れてしまった）を修正。
• ORF で、作った BOX の範囲が終止コドンの１文字目までになってしまうバグ（ver 8.0.0 で入れてしまった）、他を修正。

2010年12月27日（続けざまに重大バグ発見のため緊急アップデート、すみません）　ver 8.1.0

• 「サーチボタン」でサーチ後に移動先を表示するように改良。
• 波形情報を持たない配列全体に「Rev & Comp」を行なった時にクラッシュするバグを修正。
• 「特性」が「 DNA 」の時に配列の最後尾までかかる ORF が表示されないことが有るバグを修正。
• 大きな配列で BOX が作成できないことが有るバグを修正。

2010年12月24日（重大バグ発見のため緊急アップデート）　ver 8.0.1

• 「Rev & Comp」を行なった時に波形の向きが変わらないバグを修正。

2010年12月24日（メリークリスマス！）　ver 8.0.0

• ライセンス１開始。
• 「特性」に「環状 DNA 」を加えた。
• 「置換」機能を追加。
• 「Wave view」で配列名の脇に "配列の向き" を表示するように改良。
• プロンプトの動きを改善。
• ORF におけるクリックに対する反応を変更。
• EMBL-EBI のサイトの変更に伴い、 ClustalW2 が使用できなくなっていたバグを修正。
• ver 7.9.0 から「Rev & Comp」が使えない場合があるバグを修正。
• BOX を含む配列の一部に「Rev & Comp」を行ない、途中でキャンセルすると BOX だけ移動してしまうバグを修正。
• 検索結果を含む範囲に「Rev & Comp」を行なった時に検索結果の色が変わらないバグを修正。

2010年11月26日（学会の準備に追われている）　ver 7.9.0

• shift + command + select で選択後に delete をした時に、その範囲に重ならない配列がずれないように改良。
• コピー／ペーストした時に BOX もペーストされるように改良。
• 「非表示配列削除」機能を追加。
• BOX モードでも control + click で配列番号を指定できるように改良。
• 配列の一部に「Rev & Comp」を行おうとすると警告を出すように改良。
• BOX 描画速度の高速化。
• ハイフンを含む BOX が有ると属性をまとめて変更できないことがあるバグを修正。

2010年10月25日（科研費の学内締め切り）　ver 7.8.0

• BOX の表示属性に「塗りつぶし」を加えた。
• BOX の色を個別に指定できるように改良した。
• 「Over view」、「ぐるっぱ検索」、「Degenerate primer」、「プロット描画」において、表示するボックスを属性ごとに指定できるように改良した。
• 「表示配列選択」画面では項目名をクリックしてもソートしないように変更（項目の幅を変えようとしてもソートしてしまうため）。
• shift + command + select で複数の配列をまとめて選択し始める時に、誤動作防止のためそれまでの選択範囲を解除するように変更。
• 「縮重塩基を許容する」場合に "T" と "U" を "一致する" と考えるように変更。
• 「やり直し」、「繰り返し」後に表示範囲をリセットしないように変更。
• 英語版がバージョン7.2以降使えなくなっていたバグを修正（気付かなかった！）。
• BOX モードで「Amino view」を行なうと生じるバグを修正。
• ある条件で「表示配列選択」画面が表示できなくなるバグを修正。
• 「ぐるっぱ検索」の結果表示画面で「名前」の項目の幅が変えられないバグを修正。
• 「ぐるっぱ検索」で「末端検索」使用時に「一つも無いもの」が正しく表示されないバグを修正。
• 「シフト」＋「矢印」キーで右に詰める時のバグを修正。

2010年９月25日（動物学会に行けなかった）　ver 7.7.0

• 「Over view」で BOX を表示できるように改良。
• 「Over view」を印刷する時に横幅を用紙に合わせるように変更。
• BOX の表示属性をまとめて変更できるように改良。
• 「シフト」＋「矢印」キーで配列を詰めた時に、「Wave view」での文字と波形の位置がズレる問題を修正。
• 「Consensus配列を追加」を行った時にハイフンが有ると BOX の位置がズレることがあるバグを修正。
• 「Consensus配列を追加」を行った時に小文字を無視してしまうことが有るバグを修正。

2010年8月26日（本業が忙しくて更新が遅れました）　ver 7.6.0

• 新規に取り込んだ波形ファイルのファイル作成日が無い時に、ファイル変更日を「表示配列選択」の「memo」欄に入れるように変更した。
• 新たな検索を行う時に前回の単語が選択状態になるように改良した。
• リターンキーで検索を実行できるように改良した。
• 「シフト」＋「矢印」キーで配列を詰めた時に、両端にハイフンが残らないように改良した。
• ある状況でサーチボタンが使えないバグを修正。

2010年7月24日（仕事でブレークスルー！）　ver 7.5.0

• 「ぐるっぱ検索」の結果表示で「同位置の BOX を持つものを隠す」機能を追加。これにより、新たに追加されたプライマーなど、 BOX 化されていないものだけを見ることができるようになった。
• 「ぐるっぱ検索」の結果表示で「Normal BOX のみ」を表示する機能を追加。

2010年6月24日（先週 vector に IdentityX を登録しました）　ver 7.4.1

• 「表示配列選択」を行うと配列の順番が入れ替わることがあるバグを修正。
• 「ぐるっぱ検索」でヒットした配列がハイフンを含む場合に、その配列の場所を示す三角形の右端の位置が正しく表示されないバグを修正。

2010年5月24日（昨日初めてサーカスを見ました。目がキラキラしてたかも、、）　ver 7.4.0

• 「アライメント」のアルゴリズムを改良し、高速化および Deletion, Insertion を含んでいてもアライメントできるようにした。
• ハイフンを含む配列を左右に”詰める”機能を追加。
• TEXT モードで範囲を選択中に選択範囲とハイフンを含まない文字数をウィンドウの左上に表示するように改良。
• 「Dot blot」で相補鎖のみを検索できるように改良。
• 「Dot blot」の表示画面で配列を表示するように改良。

2010年4月24日（実験がうまく行かない、、、）　ver 7.3.0

• 「ぐるっぱ検索」、「アライメント」、「Dot blot」、「Degenerate primer」を途中でキャンセルできるように改良。
• BOX のコメントの表示位置を「左合せ」、「右合せ」で指定できるように改良。
• 「Dot blot」の結果を印刷できるように改良。
• 「アライメント」の設定を簡素化。
• 「模式図」で配列の無い部分の BOX を描画しないように変更。
• 範囲が重ならない配列で「Tree view」を行うとフリーズするバグを修正。
• 「Dot blot」の縦軸の配列の範囲を表す数字が正しくないバグを修正。
• 「ClustalW2」を行うと「表示配列選択」で作成したグループの内容が消されてしまうことが有るバグを修正。

2010年3月25日（緊急アップデートです。こんな重大なバグに一ヶ月以上も気付かないなんて、、、）　ver 7.2.1

• 新たに取り込んだ配列を「表示配列選択」で非表示にすると二度と表示できなくなってしまうバグを修正。
• 「編集」->「配列を挿入」で IdentityX のファイルを取り込めないバグを修正。

2010年3月22日（春分の日の振替休日）　ver 7.2.0

• 「アライメント」機能の追加。
• 「指定した割合以上一致したものを数える」時に他の配列が無い範囲では "一致しない" と考えることによって、配列全体を選択していてもサーチボタンでサーチを可能とすると共に、配列の末端を含むブロックをサーチすると両端に移動してしまうバグを修正。
• 「表示配列選択」を初めて表示させた時に、最後に選択したグループではなく「全ての要素」が選択されてしまうバグを修正。

2010年2月22日（緊急アップデートです）　ver 7.1.0

• 「Over view」を追加し、全体像を把握できるようにした。
• 「Degenerate primer」で Normal BOX のみを表示できるように改良。
• 配列名を変更しても「表示配列選択」を行うと配列名が上書きされてしまうバグを修正。
• アミノ酸の配列で「Degenerate primer」を設計しようとするとBOXの表示がおかしくなるバグを修正。

2010年2月18日（宮島牡蠣祭りであたりました！）　ver 7.0.0

• 「表示配列選択」を「ぐるっぱ」のインターフェースとし、表示配列をグループ化して保存できるようにした。
• 「Consensus配列を追加」を追加。
• 塩基の配列番号１を「Amino view」でもアミノ酸の配列番号１となるようにし、カーソルの位置の配列番号を常に左上に表示するように改良した。
• 「Degenerate primer」で２カ所以上に結合するか否かを調べられるように改良。
• BOX モードでもいつもカーソルの位置の配列番号を表示するように改良。
• 「Amino view」を根本から作り直し、４〜１８倍の高速化及び安定化を行った。
• 「Degenerate primer」で逆向きのプライマーの配列も表示するように改良。
• 「Degenerate primer」の高速化。
• ライセンスが無い場合の「Wave view」の体験時間を少し延長。
• 「Wave view」を開いてすぐにドキュメントを閉じるとクラッシュするバグを修正。
• 「Degenerate primer」を設計する時に「全配列共通部位のみ解析」のチェックを入れていない時に、共通部位でない位置のプライマーを表示しようとすると表示がおかしくなるバグを修正。

2010年1月18日（センター試験の監督で珍しい体験をしました）　ver 6.8.0

• 「Wave view」で編集中の波形が一目で分かるように「強調」機能を加えた。
• 「Wave view」がアクティブな場合でもキー入力を受け付けるように改良した。
• 最後のウィンドウの位置を記憶するように改良した。
• 「基準配列（最上段）と一致するものを数える」以外の時に「一致する配列を"･"で表す」を選んだ時に、最上段の配列も"･"で表すように変更した。
• プロンプトの動きの修正。
• 「ぐるっぱ検索」をした後でもう一度検索を行うと、検索語入力欄が一つしか表示されないバグを修正。
• BOX の中心が行末に来る時にコメントの表示位置がおかしくなるバグを修正。

2009年12月17日（これから忘年会）　ver 6.7.0

• 「Wave view」の「高さ」を自動で調節できるように改良。
• 「Wave view」を隙間無く表示するように変更。
• プロンプトの反応性を向上させた。

2009年11月17日（あ〜忙しい）　ver 6.6.0

• Hydrophobicity プロット描画機能の追加。
• 「プロット」における「Window length」の意味を "中央からの長さ" から "全体の長さ" に変更した。
• 「Tree view」の「近隣結合法」画面表示の改良。
• 「Tree view」でホモロジーの低いアミノ酸の樹形図を表示する際に値が大きめに出てしまうバグ（ver 6.1.0 で入れてしまいました）を修正。
• 「Amino view」表示中に何かをする度にウィンドウの表示領域が変わってしまうバグ（ver 6.5.0 で入れてしまいました）を修正。
• ある条件でプロンプトの位置がおかしくなるバグを修正。

2009年10月17日（土曜日も仕事）　ver 6.5.0

• Identity プロット描画機能の追加。
• ファイルを開いた直後に最上部が表示されるように改良。
• FASTA 形式のファイルを読み込むと、編集できない等のバグを修正。
• デリートが Undo に反映されないことが有るバグを修正。
• メモリーリークを解消。
• OS 10.6 (Snow Leopard) 使用時の以下の問題点を修正。
• 書類ファイルを IdentityX のアイコンにドラッグ＆ドロップして起動すると表示がおかしくなる。
• BOX のロックマークが表示されない。
• 「Amino view」を表示させようとするとクラッシュする。

2009年9月17日（今から動物学会に行きます）　ver 6.4.0

• 「Wave view」で、指定した塩基を強調表示できるように改良。
• shift キーとコントロールキーを押しながら配列をクリックすると、全ての配列の配列番号をまとめて変更できるように改良。
• shift キーを押しながら配列名をクリックした時に、配列名の選択を解除するように変更。
• プロンプトが左端に有る時にキー入力をすると、プロンプトが２文字分移動してしまうバグを修正。
• 「Amino view」使用時の以下のバグを修正。
• 「Amino view」の配列をクリックした時にプロンプトの位置が下にズレる問題。
• 2nd or 3rd フレームで表示中にメインウィンドウで配列名を選択すると異常が起こる問題。
• 配列の先頭部分に空きがある時に、配列名から空きの部分にかけて選択すると異常が起こる問題。
• 配列を編集すると表示がおかしくなるバグ（ver 6.3.0 で入れてしまいました）。

2009年8月17日（今日からまた仕事だー）　ver 6.3.0

• 配列名が長い場合でも表示が見易いようにレイアウトを改良。
• ある条件を満たす SCF ver. 3.0.0 のファイルが期待通りに表示されない問題を解決（IdentityX ではなく、 SCF ver. 3.0.0 のバグ）。
• 最上段の配列を上に、または最下段の配列を下に移動させると異常が起こるバグを修正。
• 「Amino view」から「新規アミノ酸ファイルを作成」を選択後、キャンセルをすると異常が起こるバグを修正。
• 安定性の向上。

2009年7月17日（今日、病院へ行ってきました）　ver 6.2.0

• 描画速度の劇的な高速化（大きなファイルだと顕著です）。
• shift キーを押しながら配列名をクリックすることでその配列の全長を選択します。これまでの「編集」->「全てを選択」では複数の配列の全長を一度に選択することができませんでしたが、これが可能となりました。
• 「配列入れ替えボタン」を無くし、上下のカーソルキーで配列の順序を入れ替えるように変更しました。
• 配列名を選択後、 shift キーを押しながら上下のカーソルを押すとその配列が最上段や最下段に移動します。
• 高速化の代償として、 "BOX のロックマークの透明度" の設定ができなくなり、ロックマークは四角の輪郭で表すように変更されました。
• 「Wave view」で表示カラム数の欄に間違えて数字以外のものを入力すると，次に「Wave view」を描き換えようとした時に IdentityX が終了してしまうバグを修正。
• 「ClustalW2」でアライメントを行うと、表示されていない配列が消えてしまうバグを修正。
• 行の先頭にペーストできないバグを修正。
• 安定性の向上。

2009年6月17日（仕事が死ぬほど忙しい）　ver 6.1.0

• 樹形図を表示した時にライセンス無しでも Newick 形式は利用できるように改良。
• 「編集」->「レイアウト」メニューの「一致配列」タブで、「指定した割合以上一致するものを数える。」を選択している時に配列全体をサーチボタンでアライメントできないように改良。
• BOX の長さが奇数の時にコメントが中心から半文字分ズレるバグを修正。
• 相同性の極めて低い配列で樹形図を表示させようとするとフリーズするバグを修正。
• 検索を行う時に一致下限を個数で指定できないバグ（ver 5.1.0 で入れてしまいました）を修正。

2009年4月17日（イチロー復活！）　ver 6.0.0

• 樹形図を作成できるように改良。
• 複数の範囲を選択している時にキーボードからの入力がうまくできないバグを修正。
• FASTA 型式で保存する時に表示される「ハイフンを消去する」ボタンが、無関係の Save panel で表示されてしまうバグを修正。
• ver 4.3 以前で作成したファイルで「表示配列選択」を「NO」にした時に、その配列をロック配列とする BOX などが消えてしまうバグを修正。
• ver 4.2 以前で作成したファイルで「矢印や水平線をずらして表示する」が正常に機能しないバグを修正。

2009年3月18日（またやってしまいました）　ver 5.4.0

• 「表示配列選択」で全ての配列をまとめて表示設定を変更できるように改良。
• FASTA 形式で保存する時に配列名のスペースをアンダーバー "_" で置き換えるように変更。
• FASTA 型式で保存する時にハイフンを消去するか否かを選択できるように改良。
• キーボードから入力した時にカーソルが右に移動しないバグ（ver 5.3.0 で入れてしまいました）を修正。

2009年3月13日（本業が忙しくて更新が遅くなりました）　ver 5.3.0

• shift + command + select で複数の配列をまとめて選択できるように改良。
• 波形情報を持たない配列と持つ配列が混在していると、一部の波形が表示されないことがあるバグを修正。
• 小文字を含む配列を ClustalW2 でアライメントすると、 BOX などの情報が失われるバグを修正。
• Amino view 使用時の安定性の向上。

2009年2月8日（重大バグ発見のため緊急アップデート）　ver 5.2.0

• ライセンスなしでも「Wave view」をチラッと体験できるように変更。
• 「Rev & Comp」で波形データが書き換えられる時に警告を出すように改良。
• 波形情報の無い配列をまともに編集できないバグ（ver 5.0.0 で入れてしまいました）を修正。

2009年2月1日（受験、合格！　ヤッター！）　ver 5.1.0

• 末端検索機能の追加。
• 選択範囲を「Wave view」でも選択範囲の色で塗るように改良。
• 「Wave view」のレイアウトを変更。
• 「配列を挿入」を行うと問題が起こるバグを修正。

2009年1月27日（あと３日で娘の合格発表。ドキドキです。）　ver 5.0.0

• SCF形式、AB1形式ファイルに対応。
• 「配列を挿入」で他のファイルを複数選択できるように改良。
• shift + delete で右詰め削除ができるように改良。
• プロンプトが怪しい動きをするバグを修正。
• 模式図を作成した時に BOX が無いと配列名の色が定まらないバグを修正。

2008年12月26日（今年もあと６日。早いな〜）　ver 4.4.0

• 模式図を作成できるように改良。
• 表示する配列を選択できるように改良。
• 描画速度を高速化。
• FASTA 形式で出力しようとし、配列が ">" を含む場合に警告を表示するように改良。
• BOX が無いのに BOX モードで FASTA 形式で出力しようとした場合に警告を表示するように改良。
• 「Amino view」使用時の安定性の向上。
• 「Amino view」表示中に BOX の表示属性を変えられないバグを修正。
• 同じ範囲の BOX が重なっている時にコメントが勝手に書き換わってしまうバグを修正。

2008年11月27日（保健所は厚生労働省の所管では無いと意識した日。）　ver 4.3.0

• BOX に表示属性を持たせ、ずらして表示できるようにした。
• 「ぐるっぱ検索」の結果表示画面を改良した。
• 「ぐるっぱ検索」、「Degenerate primer の設計」の結果表示の図の三角形の強調をより見やすくした。
• 検索速度を高速化。
• 「Amino view」で新規アミノ酸ファイルを保存する時に間違ってファイルを上書きしないように、デフォルトのファイル名に "-AA" を付けるようにした。
• ハイフンを含む配列を「Amino view」で表示中に「Rev & Comp」を使用すると起こるバグを修正。
• アミノ酸のコンセンサス配列の書き出しのバグを修正。

2008年10月27日（科研費学内提出締め切り日。ハ〜終わった〜。）　ver 4.2.0

• 小さな文字も綺麗に印刷できるように改良。
• 検索後に検索結果（見つかった検索語の数）を表示するように改良。
• 配列番号が負の部分の編集をした時に１の位置がずれないように変更。
• カーソルの操作性を改良。
• 配列の先頭に余白が有ると一文字目に文字を挿入できないバグを修正。
• ClustalW2 を解析途中で中止すると配列名が数字になるバグを修正。
• 配列番号が負の場合に起きるトラブルを修正。

2008年9月27日（何故かしら、バグが見つかる、更新後）　ver 4.1.1

• ページ設定画面のバグを修正。

2008年9月26日（中国が神船７号打ち上げ成功。ガンバレ日本！）　ver 4.1.0

• ClustalW2 でアライメントを行った時に、 BOX 、検索結果、選択範囲等を失わないように改良。配列名に日本語やスペースを含んでいても解析できるように改良。
• EPS 形式で保存できるようにした。
• ページ設定画面を大改造。
• 全ての BOX をまとめて消去できるようにした。
• BOX の上のコメントは上流側のロックマークの上を左端として表示していたが、表示が入りきらない場合にコメントを左側に寄せて表示するように変更。
• 通常の表示の時に縮重塩基を許容できるように改良。
• Dot blot の高速化。
• 選択範囲を保存したり、 Undo, Redo で復活できるように改良。
• 幅２ページ以上の印刷ができなかったバグを解消。
• BOX モードで配列名を選択できない問題を解決。
• Rev & Comp を行った際に BOX や検索結果が変更されなかったバグを修正。
• ORF で「ハイフンを無視する」を選択している時に最長の ORF を自動で正しく選択できないバグを修正。
• 安定性の向上。

2008年8月23日（北京五輪もあと二日）　ver 4.0.0

• 「ClustalW」を自動化。
• 塩基やアミノ酸を文字ごとに色を変えて表示できるようにした。
• BOX のコメントを常に BOX の上に表示できるようにした
• ORF を表示した時に最長の ORF を自動的に選択するようにした。
• ぐるっぱ検索の結果から BOX を作成できるようにした。
• Amino view でハイフンを含む３塩基をアミノ酸に変換する際に、これまではハイフンの数に関わらず "X" にしていたが、ハイフンが一つなら "X" 、二つなら "x" と表示するように変更。
• 塩基を表さないアルファベット（E,F,J,L,O,P,Q,X,Zなど）を含む場合に「Amino view」でアミノ酸を "X" としていたが、 "?" に変更。
• 「Amino view」でC末からN末に向かって複数のアミノ酸を選択すると DNA で正しい選択がされないバグを修正。
• その他細かな修正。

2008年7月22日（今日は３連休明け）　ver 3.1.0

• 「ぐるっぱ検索」で「見つからなかったもの」を表示できるように変更。
• 「ぐるっぱ検索」での安定性の向上。

2008年7月17日（小学校は明日から夏休み）　ver 3.0.0

• 「ぐるっぱ検索」が使えるようになった。
• 「Degenerate primer」の設計時にBOXの位置が分かるように変更。

2008年6月27日（産地偽装「ウナギよ、お前もか」）　ver 2.0.0

• 「ClustalW」の出力結果を読み込めるようにした。
• 「Amino view」である選択をすると起きるバグを解消
• 「Degenerate primer」の設計時に 5'->3' と 3'->5' の両方を選択していると primer を検索結果として残せなかったバグを解消、ウィンドウを閉じた後にまた開けるように変更。
• ウィンドウ左上のコメント表示枠の大きさをウィンドウに合わせるように変更。
• FASTA形式で出力した時に、最後に Concensus 配列を付加してしまう問題を解消。ハイフンを消去するように変更。

2008年5月29日（今日はボスが休み）　ver 1.1.1

• 「指定した割合以上一致したものを数える」時にハイフンの配列を割合の分母に加えていたバグを修正。
• スペースが "選択されていても見えない" 問題を解消。

2008年５月13日（中国で四川大地震があった次の日）　ver 1.1.0

• Consensus 配列を書き出せるようにした。
• 短い BOX ほど手前に来るようにした。

2008年５月１日（ガソリン税暫定税率復活の日）　ver 1.0.0発表

• OSXに対応し、多くの生物学的機能を付加した。

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