!!!{{category 研究}}[Meep|http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/Meep]
MITで開発されたフリーのFDTDシミュレーション・ソフトウェア．
フロントエンドとしてスクリプト言語Scheme (libctl) を利用できるが，
libctlのベースとなっているguileライブラリが動的リンクを要求する
ので，大学のScoreクラスタで動作しないようだ．
そこで，C++からライブラリとしてMeepを読み込んで利用する事にする．
!!インストール方法
大学のクラスタではIntelのコンパイラが標準になっているが，gnuのコンパイラでビルドした方が何故か高速に実行されるようだ．（blas等にMKLを使用出来なかったのが原因か？MKLは静的リンクが上手く行かなかった．）
必要なライブラリ等も含めて以下の様にビルドした．
!hdf5-1.8.3
parallel hdf5は大学のnfsのマウントの仕方が仕様条件を満たしていないため，serialバージョンをビルドする．(mpicc等でビルドしない．)
 cd hdf5-1.8.3
 ./configure \
    CC=gcc CXX=g++ FC=g77 \
    CFLAGS="-static -O3 -march=pentium4" \
    CXXFLAGS="-static -O3 -march=pentium4" \
    FCFLAGS="-static -O3 -march=pentium4" \
    LDFLAGS="-static -O3 -march=pentium4" \
    --prefix=$HOME/usr \
    --enable-production \
    --enable-static \
    --with-default-api-version=v16
 make
 make install
!harminv-1.3.1
 cd harminv-1.3.1
 ./configure \
    CC="mpicc -compiler gnu" CXX="mpic++ -compiler gnu" \
    F77="mpif77 -compiler gnu" \
    CFLAGS="-static -O3 -march=pentium4" \
    CXXFLAGS="-static -O3 -march=pentium4" \
    FFLAGS="-static -O3 -march=pentium4" \
    LDFLAGS="-static -O3 -march=pentium4" \
    --prefix=$HOME/usr \
    --with-blas='-lblas -lg2c' \
    --with-lapack='-llapack -lg2c'
 make
 make install
!meep-1.0.3
 cd meep-1.0.3
 ./configure \
    CC="mpicc -compiler gnu" CXX="mpic++ -compiler gnu" \
    F77="mpif77 -compiler gnu" \
    CFLAGS="-static -O3 -march=pentium4" \
    CXXFLAGS="-static -O3 -march=pentium4" \
    FFLAGS="-static -O3 -march=pentium4" \
    MPICXX="mpic++ -compiler gnu" \
    CPPFLAGS="-I$HOME/usr/include" \
    LDFLAGS="-static -O3 -march=pentium4 -L$HOME/usr/lib" \
    --prefix=$HOME/usr \
    --with-mpi \
    --with-libctl=no \
    --with-blas='-lblas -lg2c' \
    --with-lapack='-llapack -lg2c'
 make
 make install
!h5utils-1.11.1
 cd h5utils-1.11.1
 ./configure \
    CPPFLAGS="-I$HOME/usr/include" \
    LDFLAGS="-L$HOME/usr/lib" \
    --prefix=$HOME/usr \
    --without-octave
 make
 make install
!!自作プログラムのコンパイルと実行
.profileに以下を追記して，ログインし直す．
 
 export PATH=$HOME/usr/bin:$PATH:/usr/bin:/etc:/usr/sbin:/usr/ucb:/usr/bin/X11:/sbin:.
 export PKG_CONFIG_PATH=$PKG_CONFIG_PATH:$HOME/usr/lib/pkgconfig
自作プログラム (hoge.cpp) のコンパイルは以下の様に行う．
 mpic++ -compiler gnu `pkg-config --cflags meep_mpi` hoge.cpp -o hoge \
 `pkg-config --libs meep_mpi`
実際に実行するクラスタのワーキングディレクトリ（/work1_scmgr2等) にアカウント名のフォルダを作成し，そこに実行可能ファイルをコピーしておく．
実行スクリプト (go.sh等) は以下の様な内容になる．
 #!/bin/sh -f
 #@$-q cluster2
 #@$-eo
 cd /work1_scmgr2/アカウント名
 scrun -scored=cluster2,nodes=16x1 ./hoge > ./hoge.out
ジョブの投入は，
 $ qsub go.sh
作成したワーキングディレクトリーにデータ(hoge.out, *.h5等)が保存される．計算が終了したら，忘れずにデータをホームディレクトリに移動しておく．詳しくは
[並列型ジョブの実行方法|https://staffweb.media.hiroshima-u.ac.jp/hpc/HPC_wiki/wiki.cgi?%ca%c2%ce%f3%b7%bf%a5%b8%a5%e7%a5%d6%a4%ce%bc%c2%b9%d4%ca%fd%cb%a1]を参照．

!!チュートリアル
![Meep Tutorial|http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/Meep_Tutorial]のC++版
*[[A straight waveguide]]
*[[A 90° bend]]
*[[Transmission spectrum around a waveguide bend]]
*[[Modes of a ring resonator]]
*[[Material dispersion]]

{{todayslink 10,v}}