表紙(FrontPage) | 編集(管理者用) | 差分 | 新規作成 | 一覧 | RSS | 検索 | 更新履歴

CellDesignerを使えるようにする手順 -

CellDesigner は、細胞内で起きている化学反応、転写、翻訳、複合体生成などのネットワークを計算機内に再構築したモデルを書き下ろすための機能を備えた、優れたソフトウェアである。  さらにそのモデル(代表的なものとして、常微分方程式を並べたものがある)を数値計算して、時間的変化をグラフ化することも簡単にできる。すばらしい機能を備えている。 

CellDesigner については、http://q-bio.jp/wiki/Main_Page   定量生物学の会 のページの、http://q-bio.jp/wiki/%E7%90%86%E8%AB%96%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6%E5%9F%BA%E7%A4%8E%E3%81%BE%E3%81%A8%E3%82%81   理論生物学基礎まとめ のページで公開されている、第四回年会 数値計算チュートリアル資料 (15MB)  (慶應義塾大学 舟橋先生による) に紹介されている。

守屋先生のページ   http://tenure5.vbl.okayama-u.ac.jp/HM_blog/   に、実際にモデルを作成して分析する例を示した、とても参考になるすばらしい解説が公開されている。

モデルはすべてが常微分方程式で表現されているわけではない。ある物質の量などが普通の関数で表現されることも多い。CellDesigner ではそういう表現法もできる。守屋先生のページで「代数ルール」として解説されていた。

その場合は「Rules」の「New assignment」から入力する。math に式を設定して、variable type は parameter   variable 名を入力


このソフトウェアを使えるようにしたので、手順を記録しておく。

WINDOW: 普通にインストーラーを実行した。

Linux:  私が持っているいくつかのノートパソコンには WINDOWS XP が入っている。XP は今後使えなくなるので、かわりに Ubuntu、Lubuntu を入れている(これもどんどんアップデートしないといけないだろうが)。そのパソコンに CellDesigner を入れてみた。うまく動くようなので、パソコンを有効に活用することにもつながる(大規模なモデルはできないかもしれないが)。

CellDesigner のホームページ   http://celldesigner.org/index.html

ここから Download のページに移る。「Download and Install CellDesigner」の内容を読む。まず、「1. Install SBW and SBW modules 」を行う。http://sbw.sourceforge.net/   に、 Systems Biology Workbench (SBW)  のソフトウェアが公開されている。Linux 用のインストーラーをダウンロードする。 sbw-2.10.0-linux-Installer.run というものだった。これは実行ファイルだが、取り込んだままでは実行できない。実行できるように chmod をする。私は FDclone というもので操作している。

実行すると、Windows のソフトウェアのように、インストーラーが起動した。/home/自分のユーザー名/sbw2.10.0/ の下にインストールされた。

次に  CellDesigner-4.3-linux-installer.run Linux 32bit 用 をダウンロードする。同様に chmod して実行する。 Windows のソフトウェアのように、インストーラーが起動した。/home/自分のユーザー名/ CellDesigner 4.3/, / CellDesigner Sim の下にインストールされた。

/ CellDesigner 4.3 に、CellDesigner 4.3.sh という実行ファイルがあるので、それを起動する。