温室や樹木園で栽培している植物は約200種類あります。温室には沖縄の熱帯植物やサボテン類が保存されて教育用に利用されています。圃場では研究用の植物や実習活動の植物が栽培されています。 また、水田や湿地が作られ維持管理されている生態実験園では約300種類の植物を観察することができます。里の畦や路傍に生える人里植物や帰化植物、里山に見かける樹木や林床植物など多様な環境に自生する植物が残されています。
