プロトコル

R関連


Bioinformatics関連

• [bioinfo]RepeatModelerでゲノム中のリピート配列を同定してRepeatMaskerでマスク
• [bioinfo]RepeatMaskerで扱うファイル名に”+”が付くとoutputが全削除される
• [bioinfo]RepeatScoutで新規ゲノム中のリピート領域を同定する
• [bioinfo]P_RNA_Scaffolderを使ってScaffold長を改善する
• [bioinfo]リファレンスCDSにアライメントされたde novo transcriptome配列の5’端を刈り取る
• [bioinfo]multiple fasta形式のデータから必要なデータのみを取り出す
• [bioinfo]kraken2を使ってコンタミリードを排除する
• [bioinfo] fosmid 位置をゲノムブラウザ（jbrowse2）に実装する
• [bioinfo]ONT Guppyで複数フォルダに渡るfast5データを一度にコールする
• [bioinfo]nanopore sequencing のbasecallがリアルタイムで可能なマシンを作る。

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Linux関連

飼育関連

arduino

IOT

実験

3Dプリンティング

雑多