[bioinfo]Nanopore readをフィルタリングする

Nanoporeのデータはそのままではコントロールのlambda phageゲノムなどを含んだままで、アセンブリ等に使うにはそれらが邪魔をする可能性がある。そこで、Nanopackパッケージの中のNanoLyse、Nanoflitを使ってリードをフィルタリングする。

Nanopackはpipからインストール可能。

pip install nanopack

guppyを使ってコールしたNanoporeのfastqデータをcatで流し込む。

cat *.fastq | NanoLyse  --reference lambda.fa.gz| NanoFilt -q 10 | gzip > trimmed_filtered.fq.gz