[bioinfo]Flappie (Flip-flop basecaller for Oxford Nanopore reads) をUbuntu 18.04上にインストールする
Nanopore シークエンサーからのrawデータ (fast5)のbasecallerのうち、最も精度が高いとされているFlappieをインストールする。
まず、git lfs (An open source Git extension for versioning large files)をインストールしておく。
git lfs install
その他に、
をインストール。
sudo apt install libcunit1 libhdf5 libopenblas-base libunit1-dev libhdf5-dev libopenblas-dev
Ubuntu 18.04の場合、HDF5のシンボリックリンクの名前が異なり、場所がわからないというエラーが出るので、CMakelist.txt中に、
set (HDF5 hdf5_serial)
を挿入するのと、#Find right hdf5 fileの項目を以下の内容に変更する。
# Find right hdf5 file
include (CheckIncludeFile)
check_include_file ("/usr/include/hdf5/serial/hdf5.h" HDF5_STANDARD)
if (HDF5_STANDARD)
set (HDF5 "hdf5")
else (HDF5_STANDARD)
check_include_file ("hdf5/serial/hdf5.h" HDF5_SERIAL)
if (HDF5_SERIAL)
set (HDF5 "hdf5_serial")
include_directories ("/usr/include/hdf5/serial")
endif (HDF5_SERIAL)
endif (HDF5_STANDARD)
その上で、
hdf5Root=/usr/include/hdf5/serial/ make flappie
でmake。
flappieは以前のsingle fast5 out put にのみ対応するので、ont_fast5_apiでmultiple fast5を変換する。
ont_fast5_apiはpipでインストール。
pip install ont-fast5-api
複数のfast5からsingle fast5へ変換
multi_to_single_fast5
-i, --input_path <(path) folder containing multi_read_fast5 files>
-s, --save_path <(path) to folder where single_read fast5 files will be output>
[optional] -t, --threads <(int) number of CPU threads to use; default=1>
[optional] --recursive <if included, recursively search sub-directories for multi_read files>
multi_to_single_fast5 -i fast5_pass/ -s raw/reads
実際に変換をトライしてみたが遅すぎて使い物にならない…