[bioinfo]HiC-Proのインストールと実行

HiCデータの解析ツールHiC-Proをインストールする。
基本的にはhttps://github.com/nservant/HiC-Proを参照する。

gitからソースをダウンロード

git clone https://github.com/nservant/HiC-Pro

ymlファイルがあるので、condaの新規環境を導入する。

conda env create -f MY_INSTALL_PATH/HiC-Pro/environment.yml -p WHERE_TO_INSTALL_MY_ENV
conda activate WHERE_TO_INSTALL_MY_ENV

その後、本体のHiC-Proをソースからコンパイル

make configure
make install
sudo make install

実行ファイルはデフォルトでは/usr/local/bin/HiC-Pro_3.0.0/bin/に作成されるので、パスを通すか直接入力して実行。

/usr/local/bin/HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro

HiC-Proのデータセットはdata/SRR########/SRR########_1.fq.gz, SRR########_2.fq.gzという感じの階層的なフォルダ構造を必要とするので、素直に従ってデータセットごとにフォルダにまとめて入れる。

追記（2021/04/08）
実際にHiC-Pro v3.0.0をランしたところ、正常に終了するものの、iced matrixの値が異状で、続くHiTCの解析が永遠に終わらないというバグに直面した。これはiced v0.57に由来するバグで、iced v0.58にアップデートすることで解決する（トラブルシュートに2日を費やした…）。githubにて報告済み（#428）。この指摘によってHiC-Proはv3.1.0にバージョンアップされた。