[bioinfo]ONT Guppyで複数フォルダに渡るfast5データを一度にコールする

フローセルのバージョンによってguppyの設定を変える必要があるため、v9.4.1とv10.3のフローセルで読んだデータは「FLO-MIN106」「FLO-MIN111」「FLO-PRO002」など別々のフォルダにまとめておく。

dir=$(ls -d */fast5_*) #インプットフォルダを変数dirに読み込み
for var in $dir
 do
 /opt/ont/guppy/bin/guppy_basecaller -i $var -s guppy_out_sup -m /opt/ont/guppy/data/template_r9.4.1_450bps_sup.jsn -x CUDA:0 --chunks_per_runner 448
 done