[bioinfo]bamファイルから特定のリファレンスにマップされたリードをfastqで取り出す

samtoolsのワンライナーで可能。

samtools view -@ 8 -b mapped.bam ref1 | samtools fastq -> ref1_mapped.fastq
samtools view -@ 8 -b mapped.bam ref2 | samtools fastq -> ref2_mapped.fastq
samtools view -@ 8 -b mapped.bam ref3 | samtools fastq -> ref3_mapped.fastq