[linux]USB経由の転送が異常に遅い問題
ビッグ（なシーケンス）データを容易に手にできるようになったところで問題となるのがファイル転送の問題。特にnanoporeのpod5データは数100Gbは超えるのが当たり前なので、これをベースコール用のPCに送るのにLANでは間に合わない。そこでUSB3.2 Gen2 10Gbps対応のケース（ORICO TCM2-SV)に2TBのNVMeをいれて使っているのが、転送は早いのに、読み出しは劇的に遅い (Gigabit LANと同程度）。どうもおかしいので調べたら、下記の情報が。どうもUbuntu特有の症状らしい。
このコマンド通りにやるとpermissionの問題があるので、下記のようにする。
echo $((16 * 1024 * 1024)) | sudo tee /proc/sys/vm/dirty_background_bytes
echo $((48 * 1024 * 1024)) | sudo tee /proc/sys/vm/dirty_bytesまたこれを永続化する場合は、/etc/sysctl.confに、下記を追記する。
vm.dirty_background_bytes = 16777216
vm.dirty_bytes = 50331648