[bioinfo]gffreadの使い方

gff3からgtfへ変換。

gffread -E my.gff3 -g my_genome.fasta -T -o my.gtf

gtfからgff3へ変換。

gffread -E my.gtf -g my_genome.fasta -o my.gff3

gffを利用してprotein、exon、CDSの配列を抽出。

gffread -E my.gff3 -g my_genome.fasta -w my_exons.fasta -x my_cds.fasta -y my_protein.fasta

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