４−１．学術論文の執筆・構成

(1) 困るパターンの背景と分析

1) 書かない
�@パターン	学術論文を書かない人がいる。
�A原因	学術論文を執筆する必要性を理解していない。
2) 取りかかりが遅い
�@パターン	学術論文の執筆をギリギリになってから始める（早めに取り組まない）。 　→学術論文の執筆能力、投稿プロセスの理解や研究能力の改善にかける時間が足りなくなる。 　→それらが改善されない。　→研究の質が下がる。　→投稿論文原稿の質が下がる。 　→投稿すると編集者の方から掲載拒否される。　→良くて査読者の方から多くの査読コメントをもらう。 　→研究能力が低いために査読者コメントに十分に答えることができない。 　→改訂に必要以上に時間がかかる。　→博士課程を（予定期間内に）修了できない。 　→評価されない。とほほ…。
�A原因	学術論文の出版までにかかる期間を根拠もなく過少評価する。
�B原因の原因	学術論文の出版までにやるべきことが多いことを分かっていない。
3) 質が低い論文
�@著者	・著者名の間違い（愛称（Bob、Bill など）を書いている。姓と名が逆になっている）。
�Aはじめに	・研究の重要性・必要性が読んでも少しも分からない（なんで意味のない研究をしてるんだろう？と思われてしまう）。 ・先行研究でどこまで分かっているのかが分からない（なんで意味のない研究をしてるんだろう？と思われてしまう）。
�B手法	・論文原稿の手法に書いている情報では研究内容を再現できそうにない。
�C結果と議論	・結果の値に矛盾があったり、単位がなかったりする。 ・結果に至る計算過程に誤りがある（表のデータから係数を計算するときなど）。 ・結果の値の誤差の見積もりが甘い（ない）。そのために先行研究のデータと比較できない。 ・議論の論理展開が間違っている。 ・他の学術論文ではなされている議論がされていない（先行研究のデータとの比較など）。
�D全体	・引用文献の内容と文章で引用されている内容が違う。 ・英語の間違いが多くてまともに文章として読めない。

(2) 成果目標

1) 社会への還元	税金を使っている場合は社会へ還元する義務がある。
2) 研究業績
�@評価	アウトプットしなければ研究業績として評価されない。
�A良いパターン	学術論文の出版　→ちゃんとした（しっかりした）研究が出来る研究者だと思ってもらう。　→明るい未来につながる。
�B参考図書	・理系のための研究生活ガイド第２版（坪田一男） 　（絶対に英語論文が書けるようにならなければならない、135-137ページ） ・科学者として生き残る方法（F. ロージ・T. ジョンストン） 　（生態系としての科学、128-135ページ；査読のある発表、253-256ページ）

(3) 学習目標

1) 理解
�@執筆の必要性	学術論文を執筆する必要性を理解してもらう。
�A研究・データの質	研究とは何かを理解してもらう。 　・研究とは新しい知見を既存の知識に加える作業。　→新しいデータと既存のデータの比較が必要になる。 　→新しいデータは比較に耐えうる質でなくてはならない。　→再現性があり、誤差が大きくてはいけない。
�Bちゃんとした研究	ちゃんとした研究とは何かを分かってもらう。 　→自分の研究レベルを改善する必要性を分かってもらう。
�C準備の必要性	ちゃんとした研究は（学生さんが思っているよりも）やるべきことが多い。 　周到な準備（Thorough Preparation）が必要なことを分かってもらう。
�D研究の評価基準 　　（査読基準）	学術論文の査読ポイントを理解してもらう。 　・証拠が結論の根拠となっているか。　・論理展開に間違いがないか。 　・先行研究を無視していないか（調べられているか）。
ダメなパターン	研究として成り立っていないものは、投稿した後に掲載拒否（Reject）になる。
�E論文投稿プロセス	学術論文の投稿・改訂・受理・掲載プロセスの理解。
2) 研究能力の向上
�@議論する能力
議論	学術論文の執筆が議論のネタになる。　→学術論文の執筆中に議論する。 　→学術論文の内容について様々な角度から検討する。　→学生さんの検討の仕方を改善する。 　→よく考えた研究（Thoughtful Research）になる。
査読コメント	査読者からのコメントに真剣に対応することで論理的思考能力が磨かれる。
�A執筆能力	執筆能力（アウトプット能力）の向上。　→発表の質（Quality of Presentation）を上げる。 　【参考図書】 　　・理系のための研究生活ガイド第２版（坪田一男） 　　　（絶対に英語論文が書けるようにならなければならない、135-137ページ） 　　・理系のための人生設計ガイド（坪田一男） 　　　（実力も表現力も大事、168-172ページ、表現力を高める五つの方法、172-177ページ） 　　・科学者として生き残る方法（F. ロージ・T. ジョンストン） 　　　（科学とライティング：総論、246-253ページ、査読のある発表、253-256ページ）

(4) 方針

1) OJT	学術論文出版のオンザジョブトレーニング。
2) 早めに	早めに取り掛かる（Start Early!）。
�@良いパターン	早めに取り掛かる。　→推敲・議論を重ねる。　→論文の完成度が高い。　→受理されやすくなる。　→明るい未来。
�Aダメなパターン	遅く取り掛かる。　→議論・推敲を重ねない。　→論文の完成度が低い。　→掲載拒否される。　→修了できない。
�Bダメなパターン	アウトプット能力が低い。　→実験をよくする（実験に逃げる）。　→早めに取り掛からない。 　→アウトプット能力を改善しない。　→アウトプットされない。　→評価されない。
�C判断基準	学術論文の完成度が高いのは良い研究指導の結果である。
	【参考図書】 　　・理系のための研究生活ガイド第２版（坪田一男、英語論文を書く21のコツ、135-170ページ）
3) 雑誌の候補	学術雑誌の候補を伝える。
�@理由	本当に学術論文を書くと思っていない学生がいる。
4) コメント	書いてコメントを伝える。

(5) 執筆前の準備：執筆

1) 利点の説明
�@学生さんの成長	共著者・査読者の方から質の高いコメントがもらえるので、学生さん（自分）が伸びる。 　（学術論文を執筆・投稿しないと質の高いコメントがもらえないので伸びが遅くなる）
�A理解の深化
�B評価	学術論文が出版されるとちゃんとした研究が出来る学生だと思ってもらえる。 ただし、いい加減なことをしたら評価・評判が下がる（口を酸っぱくして言う）。
進学などに有利	学術振興会特別研究員に通りやすくなる。
2) 学術論文の説明
�@査読基準	学術論文の査読基準を読んで理解する宿題を出す。 　・Nature のPeer-Review Policy　・Science のReviewer Information
�A投稿規定	学術論文の投稿規定を読んで理解する宿題を出す。 　・American Mineralogist のInformation for Authors　・Nature のFor Authors
3) 執筆情報の紹介
�@専門書・論文	専門書・論文を渡す。 　・How to Write and Publish a Scientific Paper (R. Day and B. Gastel) 　・科学論文は読切・短編・推理小説です：新進学徒への提言（中沢弘基）
�Aウェブサイト	コロンビア大学生物学科のWriting a Scientific Research Article
�Bお手本	お手本をメールで送る・渡す。 　・Physics of the Earth and Planetary Interiors のArticles in Press のAccepted Manuscript。 　・American Mineralogist のPrePrints of Papers in Press。 　・過去に受理された論文原稿。

(6) 執筆前の準備：研究

1) 見える化
�@主要な図表	結果・原因・解釈を端的に表す主要な図表を作る。 新しい手法の場合は、手法を端的に表す図を作る。
�Aまとめシート	A4一枚のまとめを作る。研究の全体像をつかむ。
2) 学術論文
�@まとめ	学術論文を読みながらまとめを作る（例：リングウッダイトの転位組織）。
�A単語	単語帳を作る。
3) 学会発表
�@全体像	発表ファイルにより詳しい全体像を描く。
�A手法	発表ファイルに装置・機器の会社・型番を記載しておく。
�B要旨	要旨を書いておく。
�C共著者の方	共著発表をお願いする。
4) テーマの絞り込み
�@考え方	選択と集中。
理由	長い学術論文を書くのは学生さんに負担が大きすぎる（短くても押さえるべきことは山のようにある）。
�A方針	短い簡潔な学術論文を目指す。
�B過程	学術論文の主旨・テーマ（主張したいこと、Main Message）を考える。 　→学術論文の主旨・テーマを一つに絞る（Choose）。 　→絞ったテーマに焦点を当てる（Focus）。 　→範囲を絞った分、参考論文をよく探しよく読む。 　→分析で注意すべき点を取り入れる。 　→より深い議論の視点を取り入れて議論を深める。 　　　・引用論文　・共著者の方と議論　・周りの人と議論　・普段会わない人との議論（学会発表など）
�C主旨・ストーリー
物性	「どんな鉱物」の「どんな物性」が「どうなること」が分かったのか。 　・鉱物：カンラン石、ウォズリアイト、リングウッダイト、ブリッジマナイト 　・物性：クリープ強度、転位のすべり系、水素位置、硬度 　・どうなること：硬い、柔らかい、変わらない
原因	「なぜ」その鉱物のその物性がそうなるのか。
解釈	その鉱物のその物性がそうなると「何」が「どうなる」のか。

(7) ソフトウェアの設定

1) スペル・文法ミス
�@信用	科学的内容が良くても、文法・スペルのミス読者（編集者、査読者）に信用されなくなる。 （Readers will not believe contents of your paper.）
�A方針
スペルチェック	Office のスペルチェック・文章校正機能を有効にする。 Please use the spell-grammar check function in Office.
ソフトウェア辞書	ソフトウェア辞書に登録する（Please add “A”, “B”, etc., to your Office dictionary.）。
2) 行数の表示
	Please add line numbers at left margin. I want to give you my suggestions like review comments for a scientific paper. Please have a short look at the attached Ms.

(8) 指導手順：執筆

1) 目標	以下のことに気を付ける。 　・明瞭さ（Clarity）　・話の筋が通っていること（自己矛盾がないこと、Coherence）　・簡潔さ（Concision）
�@分かりやすさ	読んで分かりやすい論文は良い論文である。分かりにくい論文は良くない論文である。 　・査読者の方に分かりやすい原稿は、将来の読者の方にも分かりやすい。
ダメなパターン	分かりにくい原稿は査読するのが大変。　→査読者・編集者の方の印象が悪くなる。　→掲載拒否に近づく。
�A簡潔さ	Simpler is better.
2) 内容の方針
�@分かりやすさ	論理構成を良くする。同じ内容を短く表現する。
	目次（Table of Contents）を作る。 　内容（Contents）を考える。　→話の流れ（Flow、起承転結）を考える。　→話の構造（Structure）を組み立てる。 　→話（Story）としてまとめる。
話の流れ（Story）	重要なのによく分かってなかったことがあったので研究しました。 こんな結果が出まして、あんなことやこんなことが言えます。
論文構成	節（Section）、段落（Paragraph）、文（Sentence）。 四つから三つの要素から成り立っていると考えると考えやすい。
�A簡潔さ	長い文章は短くする。
3) 行動方針
�@早め	早めに取り掛かる（Start Early!） 記憶が新しい内に書く。内容が決まったところから書く。 題名→はじめに→手法→結果の図表→説明文→結果の文→議論
�A取り掛かりやすさ	取り掛かりやすい所から早めに始める。題、著者、方法、はじめになど。
�B取り入れ	関連論文を読んで気を付けるべき点を取り入れる。
�C草稿（私なりの）	取りあえず文章を書く（推敲は後から出来る）。　→明らかに必要な引用文献を加える。 　→計算のいらない図を作る。　→計算する。　→計算のいる図を作る。　→表を作る。 　→科学的な内容を詰める。　→引用文献の不足があれば付け足す。 　→国語的な部分を推敲する。　→てにおは的な部分（冠詞など）を直す。 最終チェックをする。
�D評価	・A（Good）：学生による初稿としては良く書けている（Well-written）。　・B（Satisfactory）：OK。 ・C：ダメ。
	一部を添削する。助言（comment）を与える。 　他の部分を添削した内容で直すように言う（添削時間の削減のため）。
�E英語	アメリカ英語とイギリス英語（ヨーロッパ英語）を使い分ける（GrayとGreyなど）。 それらの違いを理解する。混用しない。
�F略	et al. = and others, e.g. = for example, i.e. = that is, cf = compare, etc. = and other things, vs. = versus

(9) 全体の構成

1) タイトルページ＋α	題名、著者（所属）、責任著者、要旨、キーワード
2) １．はじめに	(1) 本研究の意義 　　・重要性　・必要性（Necessity） (2) 先行研究の短い総説（Short Review） 　　・限界（Limitation）　・限界の原因　・明らかにされていない疑問（Question） (3) 近年の研究の動向（状況の変化）・作業仮説 　　・研究手法の技術的な進歩　・仮説の提案　・近年の研究の限界　・可能になったテーマ (4) 本研究の目的 　　・目的　・やったこと（手法、物性、技術開発）
3) ２．手法	(1) 試料（Sample、Material、Synthesis） 　　・鉱物名　・多結晶、単結晶　・化学組成　・天然、合成（試薬） 　　・焼結方法、合成方法（温度、圧力、酸素分圧、保持時間、装置） 　　・組織（粒径、粒界形状、転位密度）　・含水量 (2) 実験方法（Experimental Methods） 　　・高圧実験装置（川井型マルチアンビル装置、D-DIA型変形装置、ドリッカマー装置） 　　・セルアセンブリー（図：セルアセンブリーの断面図、注意点） 　　・実験の手順（加圧→昇温→保持、アニーリング→変形→急冷→脱圧、注意点） (3) 分析方法（Analytical Methods） 　　・鉱物同定（粉末X線回折、単結晶X線回折、ラマン分光法、電子線回折） 　　・組成（EPMA、メスバウアー分光法） 　　・微細組織観察（Microtexture）、微細構造観察（Microstructure） 　　　　・対象：粒径、粒界形状、粒の形状、結晶方位 　　　　・装置：光学顕微鏡、走査型電子顕微鏡（SEM）、透過型電子顕微鏡（TEM）） 　　　　・手法：二次電子像、反射電子像、電子後方散乱回折　・エッチング、転位の酸化修飾法 　　　　・粒径測定方法 　　・含水量測定（赤外分光法（IR）） (4) 解析方法（Analytical Methods） 　　・応力解析、歪解析
4) ３．結果	(1) 全体像　(2) 主要な結果　(3) 補足する結果
5) ４．議論	(1) 測定値の検証（Validation） 　　・手法の面（実験方法・分析方法・解析方法）からの考察 (2) 先行研究との比較 (3) 先行研究との違いの原因、モデルの検証（Validation） 　　・裏付け証拠（根拠となる証拠、Supporting Evidence） 　　　　結晶学・鉱物物理学的考察 (4) 地球科学的議論（Discussion）・解釈
6) 謝辞、参考文献、図表	謝辞、参考文献、図の注釈、表、図
7) 参考文献	・American Mineralogist のInformation for Authors

(10) 各要素

0) 目標	学術論文の査読基準（Review Criteria）をなるべく高いレベルで満たす。
1) 題名	研究内容および重要性を的確かつ簡潔に表す。
2) 著者リスト	名はイニシャルで略さず、スペルをすべて書く。
�@利点	他の人となるべく被らないようにするため。　→文献検索時や業績検索時に分かりやすい。
3) 要旨
�@内容
問題設定・重要性	何が解決すべき問題なのか？ なぜその問題の解決に取り組まないといけないのか？
研究手法	研究結果を得るために何をしたのか？
研究結果	何が分かったのか？
示唆	問題設定したテーマについて何が言えるのか？
�A査読ポイント	・要旨は明瞭に研究を要約していて主要な結果を述べているか。 ・先行研究のただの焼き直しか。
4) はじめに	Critical。
5) 方法	実験・分析・解析を再現できるように書く。
�@査読ポイント	研究手法がしっかりしているか。
6) 結果
�@査読ポイント	・不確実さ・誤差を適切に評価しているか。
7) 議論
�@査読ポイント	・結論は明瞭か。 ・結論が証拠によって十分に支持されているか。 　・仮定が妥当か。　・証拠が適切か。　・結論までの論理が破たんしていないか。
8) 図
�@重要性	論文速読時の読む順番（重要箇所） 題名、著者、図の順。読む価値があると思ったら要旨。 なので図は重要。
�A査読ポイント	図表が明瞭で注釈はそれを読んだだけで分かるか。
9) 全体
�@査読ポイント	・先行研究を適切に引用しているか。 ・原稿は分かりやすい英語で書かれているか。 ・学術論文に不要なものはないか。

(11) 論理構成

1) 目的	分かりやすい論文（Can readers easily understand?）。
2) 目標	論理展開の流れを分かりやすくする。
3) 基本方針
�@論理構造	各階層が三つから四つの要素から成り立っていると論理展開の流れを捉えやすい。
4) 具体的な方針
�@本文の構造
短めの学術論文	三つの節：はじめに、手法、結果と議論
長めの学術論文	四つの節：はじめに、手法、結果、議論
�A節の構造	三つから四つの段落にする。
�B段落の構造
段落の主題	１段落に１主題（主張・言いたいこと・トピック（Topic））にする。 　→主題が一つ以上あるときは複数の段落に分ける。
段落の主題文	主題文（トピックセンテンス、Topic Sentence）の内容を考える。 　→重要な単語を分の最初に書く。 　→理由は後に書く（because …）。
主題文の関連
つながり	主題文だけを繋げて読んでみて、言いたいことが言えているかを確認する。 　→言いたいことが言えてなければ推敲する。
発問と答え	議論の主題文がはじめにの主題文に応えているかを確認する。
段落の移動	段落があるべき節にない場合は移動させる（多いのは、結果の節⇔議論の節）。
段落の構造	段落の最初と最後の文が重要。その段落の主張・結論を書く。 　→主題文を段落の最初もしくは最後に書く。 First and last sentences in paragraphs are very important. Write your opinion/conclusion in the paragraphs. This makes logical structure of a (scientific) paper “clearer”. In turn, readers can easily understand your opinion.
文章の関連性	（まず。次に）。さらに（Moreover）。さらに加えて（Furthermore）。結論として（Consequently）。 第一に（First）、第二に（Second）、第三に（Third）、第四に（Fourth）、…。
6) 文章の構造	文の最初。トピックポジション。 文の最後。ストレスポジション。
最初の文章の構造	最初に重要な単語を書く。

(12) 価値のある研究

1) 目標	価値ある研究（Valuable Research）と思ってもらえるように書く。
�@定義	現象の理解が常識を超えて飛躍的に進むもの。
2) 方針
�@研究の流れ	研究の流れを分かりやすくする。
	仮説　→　計画立案　→　検証　→　新しい知見 　【参考図書】 　　・理系のための研究生活ガイド第２版（「研究」とは何かを理解する、17-23ページ、坪田一男）
	好奇心・知的欲求　→　疑問　→　研究テーマの決定 　【参考図書】 　　・理系のための研究生活ガイド第２版（研究テーマを決める14の原則、58-80ページ、坪田一男）
�A参考資料	・科学研究費補助金の申請書

(13) 価値のある研究の表現

1) 表現
注意	価値ある研究ではないのにこれらの表現を使うと陳腐化する。
�@独創性	Original, Unique
�A意外性	意外性、Unpredictability, Unexpectedness 予測が難しい。Unpredictable, Unexpected, Unexpected phenomenon, Surprising
対義語	意外性に欠ける。Inevitable
関連	Commonly assumed. A has been thought to do.
�B新規性	Novel, Novelty 新しい（New） 最初に（first）、初めて、初の、世界初の、次世代 No data 【対義語】 　Conventional
�C発見	発見（Finding）。
�D最も	史上最○○（最高、最薄、最軽量）、過去最○○（最大、最小）、極○、初めて超えた 最○○（最前線）、超○○、特徴、特長
�E程度の大きさ	劇的に、インパクト、衝撃
�F証拠	曖昧でない（unambiguous）。
�G重要な概念	プレートテクトニクス。
	Significant Influential Broad Understanding Advance
2) なぜ独創的な 　　研究ができるのか？	技術革新、新技術、新○○技術、最先端○○技術、 （不可能であったことの）実現、ボトルネックの解消 重要なのにやられてないこと。
3) なぜ技術革新が 　　できるのか？	注力する。焦点を当てる。 豊富な経験。○年以上前から。実績。得意。 信頼性の高い（Proven）。
4) 意外性	「既存の知識」に基づいて「当たり」を付ける。 当たりとは「矛盾」する結果（逆説的な結論：Paradox）が出る。 考慮していなかった「要因」を見つける。

(14) 英単語帳

on the basis of

(15) 学術論文の投稿・改訂・受理・掲載

学術論文の投稿・改訂・受理・掲載のページを参照して下さい。

(16) 学術論文の改訂

1) 意思決定メール	意思決定メールをよく読む。
�@改訂か掲載拒否か
�A改訂締切
�B査読コメント
2) 返答ファイルの作成
�@ファイル作成	ワードファイルを作成する。
�A題
�B査読者	Reviewer #1、Reviewer #2 などと記入する。
�C査読コメント	それぞれの査読者の査読コメントを意思決定メールから貼りつける。
�D番号	コメントに番号を振る。（番号を振らなくてもよいとも思います。）
3) 原稿の改訂
�@投稿原稿のコピー
�A改訂
簡単な所	簡単な英語の間違い（冠詞の有無など）。誤植。
少し難しい所
難しい所