IdentityX には TEXT モードと BOX モードがあります。 TEXT モードは配列の編集を行うときに使用します。 BOX モードは Identity を数える範囲を指定するときに使用します。また、BOX にはコメントも付加できるので、メモ代わりにも使えます。

　これら２つのモードの切換はウィンドウ左上のモード切替ボタンで行います。

サーチボタン
　選択した範囲が最もよく一致する場所を探します。一致した配列の連続数か総数を選べます。

＜参考＞ClustalW2、アライメント、サーチボタンの使い分けに付いて

ロック配列
　BOX は必ずいずれかの配列にロックされます（右図）。このおかげで BOX 作成後に配列を編集してもロックされた配列における BOX の位置が変わりません。ロックされた配列の両端の配列がBOXの色で囲まれます。ロック配列を囲む四角は「編集」->「レイアウト」メニューの「レイアウト」タブを選択し、「 BOX ロックを隠す」チェックボックスにチェックを入れることにより非表示にできます。

BOX情報
　 BOX をダブルクリックすると BOX の情報が表示されます（右図）。ロック配列におけるその BOX の配列、ロック配列、表示属性、ロック配列における配列番号、コメント、一致率を表示します。このウィンドウでロック配列を変更することもできます。

　BOX には表示属性が有り、「Normal BOX」、「塗りつぶし」、「順向矢印」、「逆向矢印」、「水平線」、「水平線（下）」、「垂直線」の７つが選べます。
「逆向矢印」、「水平線（下）」は配列の下に表示され、「垂直線」は BOX の中心に垂直な線を引きます。「垂直線」を選択した場合はロックマークは表示されません。
「順向矢印」、「逆向矢印」、「水平線」、「水平線（下）」の４つは範囲が重なった時にずらして表示することができます。このためには「編集」->「レイアウト」メニューの「レイアウト」タブを選択し、「矢印や水平線をずらして表示する」にチェックを入れて下さい。

重なっているBOXの選択
　BOXが重なっている所をダブルクリックすると、BOX情報ウィンドウ（右上図）の中に「他のBOX」ボタンが表示されるので（右図）、このボタンで他のBOXを選択することができます。

コメント
　コメントは BOX の中央に表示する「自動」（上図中の「あか」と「あお」）、「右合せ」、「左合せ」（上図中の「きいろ」）の他に「均等」表示が可能です（右図）。「均等」表示ではコメントの始めと終わりのスペースは例外的に一文字分のスペースとして扱います。コメントの始めや終わりにスペースを入れることにより、右図の例のように表示位置を調整できます。

　「ファイル」メニューの「書き出し」から以下の４つの型式でファイルを書き出すことができます。

• FASTA 形式で保存
  FASTA 型式で保存できるので、国立遺伝研の ClustalW のサイトなどで様々な解析ができます。この時、ハイフンを消去するか否かを選択できます。ハイフンが入っているとアライメントの結果が変わってくるので、これからアライメントを行う場合はハイフンを消去することをお勧めします。
  　「FASTA 型式で保存」はテキストモードとBOX モードで保存されるファイルが異なります。テキストモードでは全配列の全長がFASTA 形式で書き出され、このまま他の解析に用いることができます。
  　一方 BOX モードでは BOX ごとの FASTA 形式のファイルを結合したものになり、BOX 名やコメント等が挿入されるために、このままでは他の解析に用いることができません。必要な部分をコピー/ペーストして御利用下さい。
• Consensus 配列を保存
  　Consensus 配列を書き出せます。生物学における特性が「 DNA 」の場合は、ある位置に存在する配列の中で最も多いものを Consensus であると考えます。 Consensus となるものが複数ある場合は縮重塩基を用います。特性が「アミノ酸」や「その他」の場合はある位置に存在する配列の半数以上が同じものであった場合に Consensus であると考えます。ただし、半数ずつ２つの記号がある場合は X となります。
  　「IdentityX」メニューの「環境設定」で「Consensus 配列にハイフンを認める」チェックボックスにチェックを入れると、ハイフンも文字として Consensus 配列に含まれるようになります。
  
• EPS 形式で保存
  EPS 型式で保存できるので Illustrator や CANVAS 等のドロー系ソフトで自由自在に編集できます。しかし、 EPS 形式を読み込めると謳っているほとんどのソフトは一枚の画像として扱ってしまうのでご注意下さい。
  

• 模式図を作成（特性が「DNA」、「アミノ酸」、「その他」の場合）
  　右のような模式図を作成できます。描画するのは表示属性が「Normal BOX」と「塗りつぶし」の BOX のみです。 EPS 形式で保存できるので、ドロー系ソフトの下書きに使えます。 Illustrator や CANVAS を持っていない人のために文字を隠せるようにしました。図の下書きを前提としているので、高度なレイアウトは要求しないで下さい。
• 模式図を作成（特性が「環状 DNA」の場合、要ライセンス）
  　右のような模式図を作成できます。描画する BOX の表示属性を自由に選べます。配列が一つの場合、スケールが表示され、ハイフンを無視することが可能となります。 BOX に矢頭を付けたり、コメントを BOX 内に表示させることが可能ですが、 BOX の長さや太さによって制限されるので、色々と試してみて下さい。 EPS 形式で保存できるので、ドロー系ソフトの下書きに使えます。EPS 形式はベクトルで描画しているため、拡大しても綺麗に表示できます（見本１、見本２（ミトコンドリア））。文字を隠すこともできます。

配列のカラー表示
　「編集」->「レイアウト」メニューの「色」タブを選択し、「文字を色分けする」ボタンにチェックを入れると、塩基配列はA,C,G,T、アミノ酸配列は酸性アミノ酸が赤、塩基性アミノ酸が青、疎水性のアミノ酸が緑で表示されます。

　酸性度、塩基性度、疎水性度が大きいほど明るい色で表示されます。酸性＝赤、塩基性＝青という配色はリトマス試験紙に合わせました。カラーでアミノ酸表示を見ているだけで、タンパクの特徴が分かったり、アミノ酸の性質が覚えられるかもネ。

様々な検索機能
　検索を行う際に一致率か一致個数を指定できるので、100%一致しない検索語も検索できます（右図）。
　ワイルドカードも使用できるので、複雑な検索が可能です。
　ハイフンを無視することも出来るので、下図のような検索も可能です（右図の条件で検索したもの）。

　DNA 縮重記号も使用できます。
　縮重記号を使用する際に「検索語のみ許容」にチェックを入れると、検索語の縮重記号が検索対象の塩基を包含する場合のみ、 "一致する" と考えます。逆の言い方をすれば検索対象（データベースなど）に "N" が含まれている場合、ここにチェックを入れないと全て一致すると考えてしまいますが、チェックを入れておけば検索対象の N は検索語の "N" 以外とは一致すると考えません。以下に例を示します。(R = A or G, N = A, C, G or T)

チェック：　無し　　　　　有り
検索語　：AAARRRNNN　　AAARRRNNN
検索対象：ARNARNARN　　ARNARNARN
一致　　：OOOOOOOOO　　OXXOOXOOO

　DNA の相補鎖も検索したい場合は「DNA相補鎖も検索する」のチェックボックスにチェックを入れるだけで検索します。 この時、相補鎖が見つかった場合に別の色で表示することができます。「編集」->「レイアウト」メニューの「色」タブを選択し、「検索結果（逆）」の色を好みの色に変えて下さい。ここで設定した色は "ぐるっぱ検索" や "Dot blot" などの結果表示でも使用されます。

　「末端検索」のチェックボックスにチェックを入れると検索語の末端(核酸での3'側)から指定した文字数を検索語として使用します。文字数に小さめの値を入れておけば "ぐるっぱ検索" で制限酵素サイトを付加したプライマー配列を検索したい時などに、プライマーの3'側のみで検索ができます。「末端検索」のチェックッボックスは意図しない動作を予防するために、検索を行なうたびにチェックが外されます。
　二つの検索語を同時に検索する "OR検索" の他に、 "リピート検索" と "AND検索" が可能です。

　"リピート検索" はスペーサーの長さが不確定なモチーフの検索などに威力を発揮します。 [n₁,X,n₂] という書式を「文字列 X を n₁ 回から n₂ 回繰り返す文字列のグループ」と考え、後述の「ぐるっぱ検索」を行ないます。 X の文字数は無制限で、書式の繰り返しや入れ子構造なども使用できます。括弧 "()" は検索語に含まれないようにして下さい。スペースも文字として扱われるので、不用意に入れないようにご注意下さい。具体例を挙げると、

　という書式で検索を実行すると以下の８つの文字列全てで検索を行ないます（理解を助けるために対応する部分に色を付けています）。

使い方
　検索画面で「ぐるっぱ検索」を選択すると(A)、ファイル選択画面が現れるので、ぐるっぱで作成したファイルを選択します(B)。
　すると「論理式作成」画面が現れるので、検索したいグループ名（この例では"vector"）を選択します(C)。"OK" を押すと検索画面に戻るので、「検索」ボタンで検索を開始して下さい。

　検索結果は右図の様なシートで表されます。テーブルには見つかった要素の名前（Tyr-RWTなど）、位置、向き、一致率、配列が表示されます。最下段には配列が黒い四角で表され、見つかった要素が三角形で表されます。テーブルの要素を選択すると、その配列がどのように一致したかが表示されると共に、最下段の図でも該当する三角形が強調されます。

　テーブルに表示する配列を「一つ以上のもの」、「一つだけ／全体」、「一つだけ／配列」、「二つ以上のもの」、「全配列にある」、「一つも無いもの」の中から選択できます。　最下段の図の中で要素を表す三角形をクリックすることによっても、要素を選択することができます。
　選択した要素から BOX を作成することができますが、検索時の一致率や要素の配列情報は記録されません。ぐるっぱ検索から作成した BOX は自動的に表示属性が「順向矢印」、「逆向矢印」（検索結果の向きに依存）もしくは「水平線」（パリンドローム配列）となります。