[bioinfo]kronaでkraken2の結果を可視化する

kraken2の結果を可視化するためにkronaをインストールする。conda（mamba）で

mamba install -c bioconda -y krona

データベースを作る。

rm -rf /home/user/miniconda3/opt/krona/taxonomy
mkdir /media/large_disk/krona_db/taxonomy
ln -s /media/large_disk/krona_db/taxonomy /home/user/miniconda3/opt/krona/taxonomy
ktUpdateTaxonomy.sh

KtImportTaxonomyを使って実行する。カラムの指定は-qがquery ID、-tがNCBI taxonomy IDのカラムを指定するのでkraken2の場合は-q 2 -t 3で下記のようなコマンドになる。

ktImportTaxonomy -q 2 -t 3 kraken2_out -o krona_output.html