雑記

計算機の覚書

Alphafold用計算機

PartsCompanyProductInstallation dateMiscellaniesWattage
CPUIntelCore i7-9800X2019/05@3.8GHz x 16165W
RAMKingstonKSM26RD4/32HAI x 42019/05DDR4 2066 (PC4-20800) 32Gb x 4 (128GB)28W
GPU玄人志向GG-RTX3060-E12GB/OC/DF2021/07故障(2024/01)GeForce RTX3060 / DDR6 12GB170W
GPUGAINWARDNE63060019K9-190AU-G VD75552023/06GeForce RTX3060 / DDR6 12GB170W
GPU玄人志向GG-RTX4090-E24GB/OC/TP2023/05GeForce RTX4090 / DDR6X 24GB450W
MotherboardASRockX299 Extreme42019/056W
Power supplyThermaltakeSmart 500W
(PS624 PS-SPD-0500NPCWJP-W)
2019/05500W 80PLUS STANDARD
Power supplyThermaltakeTOUGHPOWER GF1 1200W
(PS-TPD-1200FNFAGJ-1 PS1061)
2023/061200W 80PLUS GOLD
NVMe0Western DigitalWD Blue SN550
(WDS100T2B0C-EC)
2021/091TB NVMe (2,400MB/s)25W
NVMe1Western DigitalWD Green SN350
(WDS200T3G0C-EC)
2022/072TB NVMe (3,200MB/s)25W
NVMe1HanyeHE70 PCIe NVMe M.2 2280
(‎HE70-4TBNHS1)
2023/084TB NVMe (7450MB/s)25W
HDD0Western DigitalWD40EZRZ-22GXCB02019/054TB16W
HDD1TOSHIBAMN07ACA12T2021/0512TB16W
HDD2Western DigitalWD40EZRZ-22GXCB02019/054TB16W
HDD3Western DigitalWD60EZAZ-00SF3B02020/126TB16W
Total855W
元々、配列データ解析用に購入。Alphafold2解析用にGPUを導入してからSSD、NVMeを増設。
高速4TB NVMeを導入しリファレンスデータをすべて格納(2023/08)
Promethion用マシンは別途用意したためRTX4090が不要となったため、故障したRTX306と入れ替え。故障したRTX3060は3年保証期間中だったため交換(2024/02)

Alphafold用計算機2(calc2)

PartsCompanyProductInstallation dateMiscellaniesWattage
CPUAMDRyzen 7 7700X2023/08@4.5GHz x 16
CPUファン(Thermalright Assassin King 120 SE)が故障してうなりをあげるようになったので、12cmファンをほぼ同等のThermalright TL-C12 CPUファンに交換(2024/04)
105W
RAMCFDCFD Standard W5U5600CS-32G2023/08DDR5 5600 (PC5-33600) 32Gb x 2 (64GB)28W
GPUGAINWARDNE63060019K9-190AU-G VD75552023/06GeForce RTX3060 / DDR6 12GB170W
MotherboardMSIPRO A620M-E2023/08A620 chipset for AMD6W
Power supplyThermaltakeSmart 500W
(PS624 PS-SPD-0500NPCWJP-W)
2019/05500W 80PLUS STANDARD
Power supplyNANA~2012?500W 80PLUS GOLD
NVMe1HanyeHE70 PCIe NVMe M.2 2280
(‎HE70-4TBNHS1)
2023/084TB NVMe (7450MB/s)25W
Total334W

Nanopore用計算機

PartsCompanyProductInstallation dateMiscellaniesWattage
CPUIntelCore i7-12700KF2023/05@3.6GHz x 20125W
RAMPatriot MemoryPVE2432G400C0K2023/05DDR4 4000 (PC4-32000) 16Gb x 4 (64GB)28W
GPU玄人志向GG-RTX4090-E24GB/OC/TP2023/05GeForce RTX4090 / DDR6X 24GB450W
GPU玄人志向GG-RTX3060-E12GB/OC/DF2024/01GeForce RTX3060 / DDR6 12GB170W
MotherboardASRockB660M Phantom2023/056W
Power supplyowltechOEC-PSUCP12002023/051200W 80PLUS PLATINUM
SSDSUNEASTSE90025ST-02TB2023/052TB SSD (550MB/s)25W
NVMe0HynyeHE70-2TBNHS12023/052TB NVMe (7,450MB/s)25W
Total659W
Nanopore basecaller用にRTX4090を実装。価格の半分以上がRTX4090のコスト。

Geneious用PC

PartsCompanyProductInstallation dateMiscellaniesWattage
CPUIntelCore i7-4790@3.6GHz x 884W
RAM16GB7W
MotherboardASUSH81M-E6W
Power supply
HDD0TOSHIBADT01ACA1001TB16W
HDD1Western DigitalWD40EZRZ-22GXCB04TB16W
Total129W
Geneiousのバージョン制限によりUbuntu 16.04LTSのまま運用。

動画解析用計算機2(calc3)

PartsCompanyProductInstallation dateMiscellaniesWattage
CPUAMDRyzen 7 7700X2023/11@4.5GHz x 16105W
RAMCORSAIRVengeance ‎CMK96GX5M2B5600C402023/11DDR5 5600 (PC5-33600) 48Gb x 2 (96GB)28W
GPUELSAEQP2200-5GER2021/06NVIDIA Quadro P2200  / DDR5X 5GB75W
GPU玄人志向GG-RTX3060-E12GB/OC/DF(保証交換品)2024/01GeForce RTX3060 / DDR6 12GB170W
MotherboardMSIPRO B650P WIFI2023/11B650 chipset for AMD6W
Power supplyThermaltakeSmart 500W
(PS624 PS-SPD-0500NPCWJP-W)
2019/05500W 80PLUS STANDARD
NVMe1Western DigitalWD Green SN350
(WDS200T3G0C-EC)
2022/072TB NVMe (3,200MB/s)25W
Total239W
動画の解析が必要となり、いろいろ再利用して作成。

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