[bioinfo] windows 11のWSL（Ubuntu 22.04）にDeepLabCutをインストールする

動物の行動解析に有用なツールDeepLabCutをGPUが使えるようになったWindows 11のWSL上にインストールし、快適に解析が行えるように整備する。

WSLはpower shellをアップデートした上で、

wsl --install

でインストール。Ubuntuのアイコンができるのでそれを起動。

後で必要になるのでVisual Studio InstallerでC++ Build Toolsをインストールしておく。

まず、minicondaをインストールする。

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

cudaをインストールする。DLCはバージョンは11を要求するので、ここでは11.7をインストールする。

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/wsl-ubuntu/x86_64/cuda-wsl-ubuntu.pin
sudo mv cuda-wsl-ubuntu.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.7.0/local_installers/cuda-repo-wsl-ubuntu-11-7-local_11.7.0-1_amd64.deb
sudo dpkg -i cuda-repo-wsl-ubuntu-11-7-local_11.7.0-1_amd64.deb
sudo cp /var/cuda-repo-wsl-ubuntu-11-7-local/cuda-*-keyring.gpg /usr/share/keyrings/
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install cuda

cudnnはtensorflowが8.6までとのことなので、8.6をインストールする。
cudnnをnvidiaサイトからダウンロードした後、

wget https://developer.nvidia.com/compute/cudnn/secure/8.6.0/local_installers/11.8/cudnn-local-repo-ubuntu2204-8.6.0.163_1.0-1_amd64.deb
sudo dpkg -i cudnn-local-repo-ubuntu2204-8.6.0.163_1.0-1_amd64.deb
sudo cp /var/cudnn-local-repo-ubuntu2204-8.6.0.163/cudnn-local-FAED14DD-keyring.gpg /usr/share/keyrings/
sudo apt update
sudo apt install libcudnn8
sudo apt install libcudnn8-dev

anacondaで新しい環境をつくる。

conda env create -n deeplabcut python==3.9

続いて、deeplabcutをインストールする。

sudo apt install libgtk-3-dev
conda activate deeplabcut
pip install -U wxpython
pip install deeplabcut[tf,gui]

ひとまず、環境に入って起動してみる。

conda activate DEEPLABCUT
python3 -m deeplabcut

Qt5周りのエラーを修正

export PATH=${QtRoot}/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH={QtRoot}/Lib:${LD_LIBRARY_PATH}