プロトコル

R関連


• [R_]箱ひげ図のx軸の順番を変更する
• [R_]複数の区切り文字によるテーブルデータを読み込む
• [R_]データフレームを連続した行としてつなげる。
• [R_]データフレームに新しい列を作って同じ値を入れる

Bioinformatics関連

• [bioinfo]nanopore readの精度向上のためのbasecalling法 (250129 ver.)
• [bioinfo]STARでmappingしたデータをgatkでsnp callする際のtips
• [bioinfo]bamファイルから特定のリファレンスにマップされたリードをfastqで取り出す
• [bioinfo]NCBIのIDから遺伝子名、種名などの情報を引き出す
• [bioinfo]Windows上にanacondaを使ってDeepLabCutをインストールする。
• [bioinfo] windows 11のWSL（Ubuntu 22.04）にDeepLabCutをインストールする
• [bioinfo]amplicon_sorterでnanopore amplicon sequenceのデータをde novoアセンブルする
• [bioinfo]Nanopore V14 kitのDuplexリードをbasecallする。
• [bioinfo]brakenを使ってkraken2の結果について量的な解析を行う
• [bioinfo]kronaでkraken2の結果を可視化する

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Linux関連

• [linux]リモート接続プチフリ問題
• [linux]勝手にターミナルが落ちる問題（OOM-Killerをmaskする）
• [linux]WANに接続できなくなった場合の対処法
• [linux]Linux上でリモート接続するPCのIPを検索する
• [linux]Raspberry PiでUSBメモリを刺すだけでフォーマットしてくれる装置を作る。
• [linux]Ubuntu 20.04においてlink aggregationを設定する。
• [linux]linux上でisoファイルからbootable usbを作る。
• [linux]ntfsのマウントでスタック（symbol lookup error）した場合の対処法
• [linux]PBS command qstat status
• [linux]grepでAND、OR検索する

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飼育関連

• [breeding][iot]FileMaker 17 Advanced+FileMaker Go(iPad)+Tepra Pro SR5500Pを使った飼育管理データベースシステムの構築
• [breeding][3Dprinting]オタマジャクシ個別飼育用カップの3Dプリンティング
• [breeding]タイマー作動ポンプとフロートバルブによる自動換水システムの作製
• [breeding]ツメガエル用掛け流し水槽の作成方法
• [breeding]ツメガエル飼育用かけ流し式水槽の作製
• [arduino][breeding]壁スイッチにタイマーを付ける
• [iot][arduino][breeding]Arduinoで水槽の温度管理

arduino

• [arduino]デジタルな居場所表示板をarduino nanoと1602A (16×2 LCD)で作製する
• [arduino][breeding]壁スイッチにタイマーを付ける
• [iot][arduino][breeding]Arduinoで水槽の温度管理

IOT

• [breeding][iot]FileMaker 17 Advanced+FileMaker Go(iPad)+Tepra Pro SR5500Pを使った飼育管理データベースシステムの構築
• [iot][arduino][breeding]Arduinoで水槽の温度管理

実験

• [atbench]Nanoporeのpore状態についてのまとめ
• [atbench]Nanopore Sequeincing, SQK-LSK109に用いるNEB Quick T4 Ligaseのキットについて
• [atbench]ミドルスループット・サンガーシークエンシング

3Dプリンティング

• [3Dprinting]ドアストッパー
• [3Dprinting]10インチフィルターハウジングの接続部品
• [3Dprinting]キムワイプフォルダーの印刷
• [3Dprinting]ピペットマンホルダーの印刷
• [breeding][3Dprinting]オタマジャクシ個別飼育用カップの3Dプリンティング

雑多

• [miscellaneous]Inkscapeの使い方メモ
• [miscellaneous]速く走る方法及びそのためのトレーニング法
• [miscellaneous]MacOSはMBRディスクのNTFSフォーマットは読めない
• [miscellaneous]卒業論文執筆における決まり事
• [miscellaneous]Office365のメール検索を効率的に行う
• [miscellaneous]Windowsのsedでタブ使う
• [miscellaneous]GoProのmp4データからgpxを取り出す(windows10)
• [miscellaneous]Thinkpad Edge 11 (0328P4J)のビルトインwebcamが原因でwindows10にてブルースクリーンになる際の解決法